结论：合同金额超出原约定时，可以通过签订补充协议进行补充，只要该补充协议内容合法、明确，且双方意思表示真实一致。以下是对该问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人可以就质量、价款或报酬、履行地点等未约定或约定不明确的内容协议补充。合同金额作为合同的核心条款之一，当实际执行中超出原合同约定时，双方当事人完全有权通过协商一致，签订补充协议来明确超出部分的金额及相关事宜。此补充协议，只要内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，即为有效，具有与原合同同等的法律效力。
二、实际操作要点
合同约定角度：
- 若原合同中已包含关于合同金额变更的相关条款，如允许在特定情形下调整合同金额，并明确了调整的程序、方式等，则双方应按照合同约定的流程签订补充协议，对超支金额进行补充约定。
项目性质与审批流程：
- 在大型建设项目、政府采购项目等复杂合同中，合同金额超支较为常见。此时，双方需遵循项目管理的相关规定和审批流程。例如，政府采购项目可能需要经过财政部门等相关机构的审批，只有审批通过后签订的补充协议才具有合规性。
补充协议内容要求：
- 补充协议应明确、具体地约定金额超出的具体原因、超出金额的具体数额、支付方式和时间等关键条款。例如，若因原材料价格大幅上涨导致合同金额超支，补充协议中应明确记载这一原因，并详细约定超出部分的金额、支付方式（如分期支付、一次性支付等）以及支付时间（如具体日期或条件成就后支付）等。
- 双方的意思表示必须真实、一致，且协议内容不得违反法律法规的强制性规定或损害社会公共利益。
三、建议与注意事项
- 充分沟通协商：在签订补充协议前，双方应充分沟通并协商，确保协议内容的合法性、明确性和可执行性。这有助于减少未来可能出现的纠纷，保障双方的合法权益。
- 详细约定条款：为避免未来可能出现的纠纷，建议在补充协议中尽可能详细地约定相关条款，特别是关于金额、支付方式和时间等核心内容。例如，可以约定具体的支付金额、支付方式（如银行转账、现金支付等）、支付时间（如每月某日支付、项目完成后支付等）以及违约责任等。
- 及时咨询法律意见：如在签订补充协议过程中遇到任何法律问题或疑问，建议及时向我咨询以获取更具体的法律意见和指导。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议，帮助您更好地维护自己的合法权益。
综上所述，合同金额超出原约定时，通过签订补充协议进行补充是合法且有效的做法。但双方在签订过程中需严格遵守相关法律法规和合同约定，并确保协议内容的合法性和明确性，以保障各自的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。