结论：已被司法机关查封的不动产，案外人无论是否善意，通常都不能通过善意取得制度取得该不动产的所有权。以下是对这一结论的详细解释和分析：

一、善意取得制度的基本原理

善意取得制度，是指无权处分人将其受托占有的他人的财物转让给第三人的，如受让人在取得该财物时系出于善意，则受让人取得该物的所有权，原权利人丧失所有权。这一制度旨在保护交易安全，促进市场经济的健康发展。然而，其适用并非无限制，特别是在涉及司法机关查封的不动产时，善意取得制度往往受到严格的限制。

二、司法机关查封不动产的法律效果

司法机关对不动产的查封，是一种强制措施，旨在确保判决、裁定的执行或者防止财产的转移、隐匿等。查封后，该不动产的所有权转移受到限制，即未经查封法院许可，不得进行转让、抵押等处分行为。这是为了维护法律的权威性和司法程序的顺利进行。

三、善意取得制度在查封不动产上的不适用性

1. 法律规定的限制：

   • 根据相关法律法规，被司法机关查封的不动产，其所有权转移受到严格限制。在这种情况下，即使案外人出于善意购买了该不动产，但由于该不动产已被查封，其所有权并未真正转移给案外人。因此，案外人无法通过善意取得制度取得该不动产的所有权。

2. 保护交易安全与司法权威的平衡：

   • 善意取得制度虽然旨在保护交易安全，但在涉及司法机关查封的不动产时，必须平衡交易安全与司法权威的关系。如果允许案外人通过善意取得制度取得被查封不动产的所有权，那么将可能损害司法权威，影响判决、裁定的执行效果。

3. 实际操作的困难：

   • 在实际操作中，由于被查封不动产的所有权转移受到限制，案外人很难完成合法的所有权转移手续。即使案外人声称自己出于善意并支付了合理对价，但由于缺乏合法的所有权转移证明，其主张也很难得到法律的支持。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下被查封的不动产不能通过善意取得制度取得所有权，但在某些特殊情况下，如查封错误或查封程序存在瑕疵等，案外人可能有机会通过法律途径维护自己的权益。然而，这需要具体的法律分析和证据支持，并且最终结果取决于法院的判决。

五、法律建议

对于涉及被司法机关查封的不动产的交易，建议案外人在交易前务必进行充分的法律调查和风险评估。如果确实需要购买该不动产，应确保交易合法合规，并咨询专业律师的意见以规避潜在的法律风险。

六、可能的法律后果

如果案外人未经查封法院许可擅自购买被查封的不动产，并试图通过善意取得制度取得所有权，那么其可能面临法律上的不利后果。例如，该交易可能被认定为无效交易，案外人可能无法取得不动产的所有权，并可能承担因交易无效而产生的法律责任。

综上所述，已被司法机关查封的不动产，案外人无论是否善意，通常都不能通过善意取得制度取得该不动产的所有权。在涉及此类交易时，务必谨慎行事并咨询专业律师的意见。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律分析，请直接向我咨询。