若公司名称被代理占用，可按以下思路处理：

1. 确认占用性质与证据收集
   首先需明确“占用”的具体情形：是代理机构未经授权擅自使用公司名称开展业务，还是仅在代理服务过程中以公司名义进行活动但未造成实际混淆？建议立即收集证据，包括代理合同、沟通记录、对方使用名称的场景（如宣传材料、网站内容等）、市场混淆的证明（如客户误认的投诉记录）。若涉及商标或企业名称权侵权，还需核查自身是否已注册相关权利。

2. 协商与书面警告
   若占用行为未造成严重损害，可先通过书面函件（建议委托律师起草）向代理机构提出异议，明确要求其停止使用公司名称、消除影响并赔偿损失。函件中需列明法律依据（如《反不正当竞争法》第六条关于混淆行为的规定、《民法典》第一百七十九条关于侵权责任的规定），并设定合理期限（通常7-15日）要求对方回复。若对方配合，可签订书面和解协议，明确后续责任。

3. 行政投诉与诉讼路径
   若协商无果，可分情况采取行动：

   • 企业名称权纠纷：若对方注册了与公司名称相同或近似的企业名称，可向市场监管部门投诉，要求撤销其名称登记（依据《企业名称登记管理规定》第二十一条）。
     
   • 商标侵权或不正当竞争：若公司名称已注册为商标，可向市场监管部门举报商标侵权（依据《商标法》第六十条）；若未注册商标但符合“有一定影响”的标准，可主张不正当竞争（依据《反不正当竞争法》第十七条）。
     
   • 民事诉讼：直接向法院起诉，要求对方停止侵权、赔偿损失（包括直接损失和合理维权费用）。诉讼中需重点证明对方行为与损害结果的因果关系（如客户流失、商誉受损等）。

4. 预防性措施
   后续建议完善知识产权布局：尽快注册公司名称的商标（尤其是核心类别），并在代理合同中明确约定名称使用范围、违约责任及争议解决方式。若代理机构为第三方平台（如电商平台），可依据平台规则要求其下架侵权内容。

关键提醒：处理此类纠纷需兼顾效率与成本，若对方恶意明显或损害扩大，建议优先通过行政投诉或诉讼快速止损；若争议金额较小，也可考虑通过律师函施压促成和解。具体策略需结合证据充分性、对方履约能力等因素综合判断，如有进一步细节可随时向我补充说明。