关于员工费用报销单老板已签字后是否还需要填付款申请单的问题，这主要取决于您所在单位或公司的具体财务管理制度和流程。不过，我可以根据一般的财务管理实践和一些具体制度规定，给您一个较为全面的解答。
首先，我们要明确的是，费用报销单和付款申请单在财务管理中通常扮演着不同的角色。费用报销单主要是用于记录员工因公务活动产生的费用，并附上相关票据，以便进行报销。而付款申请单则可能是用于申请支付某笔款项，它可能包含了更详细的支付信息，如收款人、支付金额、支付方式等。
在一些单位或公司中，费用报销单在经过老板签字审批后，可能已经足够作为支付依据，无需再额外填写付款申请单。这是因为费用报销单本身已经包含了报销的费用明细、票据以及审批意见，财务部门可以根据这些信息直接进行支付。
然而，也有一些单位或公司可能出于内部控制、审计或资金管理的需要，要求员工在提交费用报销单的同时，还需要填写付款申请单。这样做的好处是可以更清晰地记录每一笔支付的详细信息，便于财务部门进行后续的核对和管理。
以您提供的《宣州区商务局机关财务管理制度》为例，虽然该制度没有直接说明费用报销单和付款申请单的关系，但它强调了经费支出的审批流程和报销票据的完整性。在实际操作中，如果单位有明确的付款申请流程，并且要求所有支付都必须通过付款申请单来申请，那么即使费用报销单已经老板签字，员工可能还是需要填写付款申请单。
因此，我建议您：
查阅单位或公司的财务管理制度：了解具体的报销和支付流程，以及是否需要填写付款申请单。
咨询财务部门：如果制度中不明确或您有疑问，可以直接咨询财务部门的工作人员，他们可以提供最准确的信息和指导。
遵循单位或公司的规定：无论是否需要填写付款申请单，都请确保按照单位或公司的规定进行操作，以确保报销和支付的合规性。
总的来说，是否需要填写付款申请单取决于您所在单位或公司的具体财务管理制度和流程。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。