结论：公司经营不善导致厂区土地闲置，是否能认定闲置并收回土地，需根据具体情况判断，主要涉及土地闲置的认定标准、收回程序以及是否存在免责情形等因素。以下从不同角度详细分析：

一、土地闲置的认定标准

根据《中华人民共和国城市房地产管理法》及相关规定，土地闲置通常指土地使用者依法取得土地使用权后，未经原批准用地的人民政府同意，超过规定的期限未动工开发建设，或者虽已动工开发建设但投资额或开发建设总面积不符合规定要求，且中止开发建设满一定期限的情形。具体来说：

1. 未动工开发建设：若公司取得土地使用权后，超过约定的动工开发日期满一定期限（通常为一年）仍未动工开发，可认定为土地闲置。
2. 已动工但未达到开发条件：若公司已动工开发，但开发建设的用地面积占应动工开发建设用地总面积不足一定比例（如三分之一），或者已投资额占总投资额不足一定比例（如百分之二十五），且中止开发建设满一定期限（如一年），也可认定为土地闲置。

二、土地闲置的收回程序

若土地被认定为闲置，政府有权根据相关规定收回土地使用权。收回程序通常包括：

1. 调查与认定：政府相关部门（如国土资源部门）会对土地闲置情况进行调查，并作出认定。
2. 通知与听证：政府会向土地使用者发出收回土地使用权的通知，并告知其有权要求听证。
3. 作出决定：在听取土地使用者意见后，政府会作出是否收回土地使用权的决定。
4. 执行与补偿：若决定收回土地使用权，政府会依法执行，并根据相关规定给予土地使用者适当的补偿（若存在补偿情形）。

三、免责情形与特殊考虑

在认定土地闲置并决定是否收回时，政府会考虑是否存在免责情形或特殊情况，如：

1. 不可抗力：若因自然灾害、政府行为等不可抗力因素导致土地闲置，土地使用者可能免于承担责任。
2. 政府原因：若因政府规划调整、政策变化等政府原因导致土地闲置，土地使用者也可能免于承担责任或获得相应补偿。
3. 经营困难：虽然公司经营不善可能导致土地闲置，但这一因素本身通常不构成免责理由。然而，若公司能证明其已尽力开发但因市场变化、资金短缺等客观原因无法继续开发，政府可能会在收回土地时给予一定考虑。

四、建议与行动

1. 及时沟通：若公司面临土地闲置问题，建议及时与政府相关部门沟通，说明情况并寻求解决方案。
2. 准备证据：收集并整理相关证据，如动工开发记录、投资额证明、政府规划调整文件等，以证明土地闲置的原因和公司的努力。
3. 寻求法律帮助：如有需要，可咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和帮助。

总结：公司经营不善导致厂区土地闲置是否能认定闲置并收回土地，需根据具体情况判断。建议公司及时与政府相关部门沟通并准备相关证据，如有需要可寻求专业法律帮助。