市场监督管理局变更登记行为被法院判决撤销后，应当按照以下步骤处理：

1. 市场监督管理局的义务与执行
   根据《行政诉讼法》第六十六条，市场监督管理局作为行政机关，有义务履行法院生效判决。若判决明确撤销其变更登记行为，市场监督管理局需在判决生效后主动撤销原变更登记，恢复企业至变更前的登记状态（如原法定代表人、股东信息等）。若涉及营业执照、公章等证照的变更，需同步收回新证照、换发旧证照，并在登记系统中更新信息。

2. 企业的配合义务
   企业作为行政相对人，需配合市场监督管理局的执行工作。例如，若原变更登记涉及法定代表人变更，原法定代表人需协助办理公章、银行账户等交接手续；若涉及股权变更，需配合签署股权回转协议或办理工商变更备案。若企业拒不配合，市场监督管理局可依法采取强制措施（如公告作废新证照、冻结账户等），或申请法院强制执行。

3. 后续法律救济与风险防范

   • 对原变更登记的异议：若企业或相关方认为原变更登记存在错误（如伪造签名、材料不实），可在判决撤销后另行提起行政诉讼，要求确认原变更登记违法或赔偿损失。
     
   • 对执行行为的异议：若市场监督管理局未依法执行判决（如拖延恢复登记、错误恢复信息），企业可向法院申请强制执行或提起行政执行诉讼，要求行政机关履行法定职责。
     
   • 民事纠纷的衔接：若变更登记撤销涉及民事权益争议（如股权归属、控制权争夺），当事人需通过民事诉讼（如确认股东资格、损害赔偿等）解决根本纠纷，避免行政程序与民事程序冲突。

4. 特殊情形处理

   • 登记材料真实性争议：若法院撤销变更登记的理由是“材料虚假”，市场监督管理局可能启动调查程序，对提供虚假材料的企业或个人处以罚款、吊销营业执照等处罚（《公司登记管理条例》第六十四条）。
     
   • 第三人权益保护：若变更登记撤销影响善意第三人利益（如交易相对方基于变更登记信息签订合同），第三人可依据《民法典》第三百一十一条主张善意取得，企业仍需履行合同义务，但可向原变更登记申请人追偿。

建议：若您是涉事企业或相关方，需第一时间与市场监督管理局沟通执行细节，并留存执行过程中的书面证据（如恢复登记通知书、证照交接记录等）。若涉及复杂纠纷（如民事与行政交叉），建议同步咨询律师，制定诉讼与非诉结合的应对策略。