结论前置：公司扣款申请仲裁时以被迫离职为由是有一定作用的，但具体效果需结合实际情况判断，以下从不同角度为你详细分析。

从被迫离职的合法性角度

1. 若公司扣款行为违法：根据《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（二）未及时足额支付劳动报酬的。公司扣款若属于未足额支付劳动报酬的情况，比如无合理理由克扣工资、奖金等，劳动者以此为由提出被迫离职是合法的。在这种情况下申请仲裁，仲裁机构通常会支持劳动者的诉求，劳动者不仅可以要求公司支付被扣的款项，还可能获得经济补偿金。经济补偿金的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。例如，你在公司工作了3年，月工资为5000元，公司无故扣款导致你被迫离职，那么你可以要求公司支付被扣款项，同时还能获得3个月工资即15000元的经济补偿金。
2. 若公司扣款行为合法：如果公司的扣款行为有合法的依据，比如劳动者违反了公司的规章制度且该规章制度经过了民主程序制定、公示，扣款金额也符合规定，或者是因为劳动者给公司造成了经济损失，公司按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿等。在这种情况下，劳动者以被迫离职为由申请仲裁，可能不会得到仲裁机构的支持。因为此时公司的扣款行为并不构成未及时足额支付劳动报酬等违法情形，劳动者主动离职可能无法获得经济补偿金。

从仲裁证据的角度

1. 证据充分：在申请仲裁时，劳动者需要提供充分的证据证明公司存在违法扣款的行为以及自己是因为公司的违法扣款而被迫离职。例如，工资条、银行流水可以证明公司扣款的事实；与公司沟通的聊天记录、邮件等可以证明自己曾就扣款问题与公司进行过交涉，且公司拒绝改正；离职申请书、解除劳动合同通知书等可以证明自己是因为公司违法扣款而被迫离职。如果证据充分，仲裁机构会倾向于支持劳动者的诉求。
2. 证据不足：如果劳动者无法提供足够的证据证明公司的违法扣款行为以及自己被迫离职的事实，那么仲裁机构可能无法认定劳动者的主张，劳动者的诉求可能得不到支持。比如，劳动者只是口头声称公司扣款，但没有工资条、银行流水等证据证明；或者虽然有扣款的证据，但无法证明自己是因为扣款而被迫离职。

从仲裁流程和结果执行的角度

1. 仲裁流程：申请仲裁需要按照一定的流程进行，包括提交仲裁申请书、证据材料等，仲裁机构会受理并进行审理。在这个过程中，劳动者需要积极配合仲裁机构的工作，按时参加庭审等。如果劳动者能够按照流程进行，且诉求合理合法，那么有可能获得有利的仲裁结果。
2. 结果执行：即使劳动者获得了有利的仲裁结果，如果公司不履行仲裁裁决，劳动者还需要向法院申请强制执行。在申请强制执行的过程中，可能会遇到公司财产不足、拒不配合等情况，这也会影响劳动者最终能否拿到应得的款项。

建议：如果你遇到公司扣款的情况，首先要收集好相关证据，如工资条、银行流水、与公司沟通的记录等。然后可以尝试与公司协商解决，如果协商不成，再考虑以被迫离职为由申请仲裁。在申请仲裁前，建议你先咨询专业人士（也就是我啦，我是喻燕立律师，专注于建设工程、劳动纠纷领域，有问题可以直接向我咨询），了解自己的权益和仲裁的流程，以提高仲裁的成功率。