员工请病假时，工资的扣除方式需依据相关的法律法规以及公司的具体规章制度来确定。以下是对此问题的详细解答：

一、病假工资的计算基数

1. 劳动合同有约定：

   • 按照不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准来确定。

2. 集体合同（工资集体协议）确定的标准高于劳动合同：

   • 按集体合同（工资集体协议）的标准来确定。

3. 劳动合同、集体合同均未约定：

   • 可由用人单位与职工代表通过工资集体协商来确定，协商的结果应签订工资集体协议。

4. 无任何约定：

   • 病假工资的计算基数统一按照劳动者本人所在岗位（职位）正常出勤的月工资的70%来确定。

二、病假工资的支付比例

1. 在规定的医疗期内：

   • 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但支付比例不能低于最低工资标准的80%。这一比例可能因地区差异而有所不同，具体应参照当地的法律法规。

2. 公司制度的作用：

   • 如果公司的规章制度符合法律法规的要求，那么这些规章制度也会在病假工资的扣除方面起到规范作用。

三、病假工资的具体扣除方式

• 病假一天扣工资数额的计算公式通常为：月薪÷21.75×扣款比例（一般不超过40%，且部分公司设有带薪病假）。
• 扣款后的工资不得低于当地最低工资标准的80%。

四、其他注意事项

• 如果单位无故克扣员工工资，员工可以向劳动监察部门举报投诉，或者向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
• 在处理病假工资问题时，应确保遵循公平、公正的原则，并充分保障员工的合法权益。

综上所述，员工请病假时工资的扣除方式是一个涉及多个因素的问题，包括法律法规、公司规章制度以及具体的计算基数和支付比例等。因此，在实际操作中应综合考虑这些因素，并确保病假工资的扣除符合相关法律法规的要求。