在行政登记备案制中，若遇到形式合规但内容不真实的材料，这是一个涉及法律合规与责任追究的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、对形式合规但内容不真实材料的处理
严格审查与调查：
- 登记机关在收到登记申请时，应严格按照法律法规要求，对提交的材料进行形式审查和实质审查。形式审查主要关注材料的完整性、格式等；实质审查则深入材料内容，核实其真实性、合法性和有效性。
- 若发现材料形式合规但内容存疑，登记机关应启动调查程序，通过询问申请人、查阅相关证据、要求补充材料等方式，进一步核实材料的真实性。
不予登记或撤销登记：
- 经调查确认材料内容不真实的，登记机关应依法作出不予登记的决定，并出具不予登记通知书，说明理由。
- 若已登记，且后续发现材料内容不真实，登记机关应依法撤销该登记，并通过国家企业信用信息公示系统向社会公示撤销信息。
二、责任承担
申请人的责任：
- 根据《防范和查处假冒企业登记违法行为规定》第六条，申请人应对提交材料的真实性、合法性和有效性负责。若提交虚假材料或采取其他欺诈手段隐瞒重要事实，将承担法律责任。
- 具体责任包括：被登记机关责令改正，没收违法所得，并处5万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，处20万元以上100万元以下的罚款，吊销营业执照；对直接责任人依法作出处理。
代理人的责任：
- 若登记注册代理人提交虚假材料或存在其他违法登记行为，登记机关将移交市场监管部门依法查处。
- 代理人若明知或应当知道申请人提交虚假材料仍接受委托代为办理，或协助其进行虚假登记，将由登记机关没收违法所得，处10万元以下的罚款。多次从事上述违法行为，或性质恶劣、造成严重后果的，依法从重处罚。
- 虚假登记违法行为的直接责任人，自该登记被撤销之日起3年内不得再次申请企业登记；受到市场监管部门较重行政处罚的，应依法被列入市场监督管理严重违法失信名单。
其他相关责任：
- 若假冒企业登记行为涉嫌构成伪造印章、诈骗等犯罪行为，登记机关应及时移送公安机关处理。
- 在工作中发现的公职人员涉嫌职务违法、职务犯罪问题线索，应及时移交纪检监察机关。
三、建议与预防措施
加强实名制与身份核验：
- 严格执行企业登记实名制，要求申请人配合登记机关核验身份信息，确保登记主体的真实性。
完善信息共享与核验机制：
- 市场监督管理部门应会同相关部门构建防范和查处假冒企业登记违法行为的沟通协调机制，强化信息共享核验，加强源头预防。
加强宣传与教育：
- 加大对法律法规的宣传力度，提高公众对假冒企业登记违法行为的认识和防范意识。
建立企业名称预防性保护机制：
- 完善企业名称禁限用管理制度，加大企业名称合法权益保护力度，防止企业名称被冒用。
综上所述，对于行政登记备案制中遇到的形式合规但内容不真实的材料，登记机关应严格审查与调查，依法作出不予登记或撤销登记的决定，并追究相关责任人的法律责任。同时，应采取一系列预防措施，加强实名制与身份核验、完善信息共享与核验机制、加强宣传与教育、建立企业名称预防性保护机制等，以有效防范和查处假冒企业登记违法行为。