若申请道路救助基金时肇事者不配合，可采取以下措施来应对：

1. 明确肇事者不配合的具体情形及法律责任

   • 情形分析：肇事者不配合可能表现为拒绝提供个人信息、拒绝承认事故责任、拒绝签署相关文件或拒绝配合调查等。这些行为可能阻碍救助基金的申请流程，影响受害者的及时救治。
   • 法律责任：根据《道路交通安全法》及相关规定，肇事者有义务配合事故调查和处理，包括提供必要的信息和签署相关文件。若肇事者故意不配合，可能面临法律责任，如罚款、拘留等，甚至可能因逃避责任而加重其民事赔偿责任。

2. 向相关部门报告并寻求协助

   • 报告对象：受害者或其家属应及时向公安机关交通管理部门报告肇事者的不配合行为。公安机关交通管理部门有权对肇事者进行调查，并要求其配合处理事故。
   • 协助申请：公安机关交通管理部门在调查过程中，可以协助受害者或其家属申请道路救助基金，包括提供必要的证明材料和指导申请流程。

3. 通过法律途径追究肇事者责任

   • 民事诉讼：若肇事者不配合导致救助基金申请受阻，受害者或其家属可以在后续民事诉讼中要求肇事者承担因其不配合行为所造成的损失，包括但不限于医疗费用、误工费、护理费等。
   • 刑事责任：若肇事者的不配合行为构成犯罪，如交通肇事逃逸等，受害者或其家属可以向公安机关报案，要求追究肇事者的刑事责任。在刑事诉讼过程中，受害者或其家属可以提起附带民事诉讼，要求肇事者赔偿损失。

4. 寻求其他救助途径

   • 社会救助：在等待道路救助基金申请结果或肇事者配合的过程中，受害者或其家属可以寻求其他社会救助途径，如向慈善机构、红十字会等组织申请救助。
   • 保险理赔：若受害者或肇事者购买了相关保险，如交强险、商业险等，受害者或其家属可以向保险公司申请理赔，以减轻经济负担。

行动建议：

• 保留好与肇事者沟通的记录，如短信、邮件、录音等，以证明肇事者的不配合行为。
• 及时咨询并委托专业律师处理相关事宜，以确保自身权益得到最大程度的保护。律师可以协助受害者或其家属准备申请材料、与相关部门沟通协调、提起诉讼等。

在处理此类问题时，请保持冷静和理性，依法维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。