针对您提出的“劳动合同期间公司注册主体变更离职赔偿年限怎么算”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和实际操作细节的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、基本原则

首先，需要明确的是，离职赔偿年限的计算主要依据的是劳动者在本单位的工作年限，这一原则在《劳动合同法》中有明确规定。当公司注册主体发生变更时，如果劳动者与新主体重新签订了劳动合同，且新合同中未对工作年限进行特别约定，那么通常来说，劳动者在新单位的工作年限会从重新签订合同之日起算。但如果公司主体变更属于非因劳动者原因导致的劳动合同主体变更（如公司合并、分立等），且原劳动合同继续有效，那么劳动者在原单位的工作年限应当连续计算。

二、具体计算规则

1. 经济补偿的基本标准：

   • 每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算，支付一个月工资。
   • 不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

2. 月工资的定义：

   • 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包括应发工资（含员工个人承担的社保等费用）。

3. 特殊情形下的计算：

   • 如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

三、公司注册主体变更时的处理

在公司注册主体变更的情况下，如果变更属于公司合并、分立等情形，且原劳动合同继续有效，那么：

• 劳动者的工作年限应当连续计算，不受公司主体变更的影响。
• 离职时，经济补偿的计算应当基于劳动者在整个连续工作年限内的表现。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：

   • 劳动者应当保留好与原公司和新公司签订的劳动合同、工资单、工作证明等相关证据，以备不时之需。

2. 咨询专业律师：

   • 由于劳动法规定较为复杂，且不同地区的司法实践可能存在差异，因此建议劳动者在面临此类问题时，及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。

3. 协商与沟通：

   • 在公司主体变更过程中，劳动者应当与公司进行充分的协商和沟通，确保自己的权益得到合理保障。

综上所述，劳动合同期间公司注册主体变更时，离职赔偿年限的计算主要依据劳动者在本单位（包括原单位和新单位，如果工作年限连续计算的话）的工作年限。在处理此类问题时，建议劳动者充分了解相关法律规定，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。