新公司成立不满三个月，完全可以在中国版权保护中心申请软件著作权（软著）。以下是从多个角度为你进行的详细分析：

1. 法律门槛与申请资格

   • 法律并未规定公司必须运营满一定年限才能申请软件著作权。关键在于证明软件是由你公司开发的，而非抄袭或购买。因此，新公司成立不满三个月，只要能够提供充分的开发证据链，证明软件是在公司成立前后开发的，就有资格申请软著。

2. 新公司申请软著的优势

   • 审查员在看到新成立的公司时，通常会认为你们正在开发新产品，这比老公司突然冒出一个新软件更符合逻辑。因此，新公司申请软著在某种程度上可能更具优势。但前提是必须提供足够的开发证据链。

3. 申请材料的准备

   • 开发证明比营业执照更重要。你需要准备开发过程文档（如需求文档、设计图、测试报告等，最好能显示时间戳）、版本控制记录（如Git等版本控制系统的提交记录，证明代码是逐步开发的）、员工劳动合同（证明公司确实有开发团队）以及开发环境证明（如购买开发工具的发票、云服务使用记录等）。
   • 如果公司成立时间短，而软件开发时间相对较长，需要说明开发进度为何如此迅速。可能是创始团队在成立公司前就以个人名义开始开发，这时需要补充个人开发阶段的证明，并说明知识产权如何转移到公司名下。

4. 专业建议与通过率

   • 找专业代理机构做预检索是一个明智的选择。他们能帮你判断软件是否有足够独创性，避免被驳回。数据显示，经过专业检索的申请通过率高达95%，而自己盲目提交的只有60%左右。
   • 分批申请也是一个划算的策略。如果软件有多个模块，可以考虑把核心模块先申请，其他后续补充。这样既快速获得保护，又能分摊成本。

5. 源代码的“量”和“质”

   • 审查时不仅看代码是否原创，还会看代码量是否与软件规模匹配。一个电商系统如果只提交几百行代码，明显不合理。建议提交核心模块的完整代码，非核心部分可以提供概要。

综上所述，新公司成立不满三个月完全可以在中国版权保护中心申请软件著作权。关键在于提供充分的开发证据链，并遵循专业的申请建议。如果你在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。