结论前置：在商标法中，责令停止销售并不直接等同于没收违法所得。是否没收违法所得，取决于具体的侵权情况、行政部门的认定以及相关的法律规定。

详细分析：

1. 一般情况下的处理：

   • 根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，对于销售侵犯注册商标专用权的商品的行为，工商行政管理部门在认定侵权行为成立后，会责令立即停止侵权行为，并可能没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。
   • 在此过程中，如果违法经营额达到一定数额（如五万元以上），行政部门可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。

2. 关于没收违法所得：

   • 法律条文中并未直接规定“没收违法所得”作为对销售侵犯注册商标专用权商品的行为的必然处罚措施。
   • 是否没收违法所得，通常取决于行政部门在具体案件中的认定，以及是否认为有必要通过这一措施来打击侵权行为并维护市场秩序。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果销售者能够证明所销售的商品是自己合法取得，并且能够提供供货者的相关信息，那么根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，销售者可能不需要承担赔偿责任，但这并不意味着其违法所得一定不会被没收。
   • 在某些情况下，如果销售者积极配合调查、主动整改并消除影响，行政部门在综合考虑后也可能决定不没收其违法所得。

综上所述，商标法中的“责令停止销售”并不直接等同于“没收违法所得”。具体的处理措施需要根据案件的实际情况、行政部门的认定以及相关的法律规定来确定。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。