在撤三案件认定中，对于箱子和产品上分别标注的不同商标，会依据实际使用情况来认定哪个商标在“使用”。以下是详细分析：

首先，我们需要明确“撤三”的含义，它指的是在商标注册后连续三年内，如果商标没有被实际使用，那么该商标有可能被撤销。这里的“使用”是指商标在市场上的真实、公开、合法的使用，且这种使用应当具有一定的持续性和规模。

针对您提出的问题，我们分两种情况来讨论：

1. 如果箱子上的商标是产品包装的一部分，且该包装与产品一同在市场上流通：

   • 在这种情况下，箱子上的商标被视为产品的一部分，随着产品的销售而一同被展示和使用。因此，如果这种使用满足“撤三”案件中对“使用”的定义，即真实、公开、合法，且具有一定的持续性和规模，那么箱子上的商标会被认定为在“使用”。

2. 如果箱子上的商标与产品上的商标分别独立使用，或者箱子仅作为运输、储存等用途，并不直接参与市场销售：

   • 在这种情况下，箱子上的商标可能不会被视为在产品上的“使用”。因为这里的“使用”需要与市场销售活动直接相关。如果箱子仅作为运输或储存工具，并没有直接参与到产品的销售过程中，那么箱子上的商标可能不会被认定为在“使用”。此时，产品上的商标则成为主要的认定对象，如果其满足“撤三”案件中对“使用”的定义，则会被认定为在“使用”。

综上所述，撤三案件认定中会依据商标在市场上的实际使用情况来认定哪个商标在“使用”。如果箱子上的商标作为产品包装的一部分与产品一同在市场上流通，且满足“使用”的定义，那么它会被认定为在“使用”；如果箱子上的商标与产品销售活动无直接关联，或者产品上的商标满足“使用”的定义，那么产品上的商标则会被认定为在“使用”。因此，在具体案件中，需要综合考虑商标的实际使用情况、市场销售活动以及相关法律法规的规定来做出判断。