商标侵权问题主要由市场监督管理部门和人民法院负责管理，海关部门在特定情况下也会涉及。以下是具体说明：

一、市场监督管理部门

1. 职能依据：根据《商标法》的规定，市场监督管理部门（原工商行政管理部门）是负责查处商标侵权行为的主要行政机关。它们有权依法对侵犯注册商标专用权的行为进行查处。

2. 具体职权：

   • 检查权：市场监督管理部门可以检查与侵权活动有关的物品，并有权查封或扣押有证据证明是侵权的物品。
   • 调查权：它们有权询问有关当事人，调查与侵权行为有关的情况，并查阅、复制与侵权行为相关的合同、发票、账簿等资料。

3. 处理措施：一旦认定侵权行为成立，市场监督管理部门将责令侵权人立即停止侵权行为，没收并销毁侵权商品以及主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。对于违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由市场监督管理部门责令停止销售。

二、人民法院

1. 民事诉讼：商标注册人或者利害关系人可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担停止侵害、消除影响、赔偿损失等民事责任。赔偿数额的确定方式包括按照权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、或者参照该商标许可使用费的倍数合理确定。对于恶意侵犯商标专用权且情节严重的，赔偿数额还可以在上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定。

2. 刑事诉讼：在商标侵权行为情节严重，构成犯罪的情况下，人民检察院将依法提起公诉，人民法院将依据《刑法》的相关规定对犯罪嫌疑人判处相应的刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。

三、海关部门（特定情况）

1. 职能依据：依据《知识产权海关保护条例》，海关负责保护进出口货物中涉及的商标专用权。

2. 具体职权：海关在发现进出口货物涉嫌侵犯商标专用权时，会立即通知知识产权权利人。经权利人申请并同意，海关可以扣留侵权嫌疑货物，并通知权利人和收货人或发货人。

3. 处理措施：一旦确认侵权，海关将没收侵权货物。没收后的货物可以用于社会公益事业，或者由权利人收购，或者经消除侵权特征后拍卖（进口假冒商标货物除外），无法消除侵权特征的则予以销毁。

综合建议：在遭遇商标侵权时，您可以根据具体情况选择合适的维权途径。如果希望快速制止侵权行为并避免进一步的损失，可以先向市场监督管理部门投诉；如果希望获得更全面的民事赔偿和法律责任追究，可以向人民法院提起诉讼。对于涉及进出口货物的商标侵权行为，还可以考虑向海关部门寻求帮助。在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。