商标侵权问题主要由市场监督管理部门和人民法院负责处理，具体职责分工如下：
一、市场监督管理部门（原工商行政管理部门）的行政查处
主要职责：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条，县级以上市场监督管理部门有权对商标侵权行为进行查处。
- 一旦发现侵权行为，市场监督管理部门可以责令侵权人立即停止侵权行为，并没收、销毁侵权商品及伪造注册商标标识的工具。
- 对侵权行为可处以罚款，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款；没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
处理流程：
- 商标注册人或利害关系人可以向侵权行为发生地的市场监督管理部门投诉。
- 市场监督管理部门接到投诉后，将依法展开调查，包括收集证据、询问当事人等程序。
- 如果认定构成侵权，市场监督管理部门将采取相应的行政措施，如责令停止销售、没收侵权商品等。
特殊情况处理：
- 如果销售者不知道是侵犯注册商标专用权的商品，并能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由市场监督管理部门责令停止销售。
举例说明：假设某企业未经授权使用他人注册商标生产商品，市场监督管理部门在接到投诉后，可以依法扣押侵权产品、查封生产设备，并根据情节处以罚款。
二、人民法院的司法审理
处理权限：
- 商标权利人可以选择直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担民事责任。
- 人民法院依据《中华人民共和国商标法》及相关法律规定，对商标侵权纠纷进行审理，并作出相应的判决。
判决内容：
- 判决可能包括停止侵害、排除妨碍、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。
- 如果侵权行为情节严重构成犯罪，如假冒注册商标罪，人民法院还将依法追究侵权人的刑事责任，并处以罚金。
级别管辖：
- 基层人民法院管辖一般商标侵权案件。
- 中级人民法院管辖涉外或重大复杂商标侵权案件。
- 最高人民法院指定管辖特殊商标侵权案件。
举例说明：若商标权利人因商标侵权纠纷向法院提起民事诉讼，法院将依据双方提交的证据，结合《商标法》及相关法律规定进行审查，并作出是否构成侵权的认定。如果认定构成侵权，法院将判决侵权人承担相应的民事责任，如停止侵权、赔偿损失等。
三、其他协同处理方式
公安机关与司法机关的刑事侦查与审判：
- 对于涉嫌犯罪的商标侵权行为，如假冒注册商标罪，公安机关将介入进行刑事侦查。
- 公安机关侦查完毕后，会将案件移送检察机关提起公诉。
- 人民法院负责对商标侵权犯罪案件进行审判，并依法作出刑事判决。
海关保护：
- 在进出口环节，如果涉嫌侵权的货物被海关发现，海关可以依职权扣留并通知权利人。
电商平台的配合：
- 网络交易平台需建立投诉机制，对确认侵权的店铺采取下架商品、关闭店铺等措施。
综合建议：
- 对于轻微的商标侵权行为，商标权利人可以先尝试通过市场监督管理部门进行行政投诉，以快速制止侵权行为并获取行政处罚。
- 对于严重的商标侵权行为，或者当行政投诉无法有效解决问题时，商标权利人应及时向人民法院提起民事诉讼，以维护自身合法权益。
- 若商标侵权行为涉嫌犯罪，商标权利人应积极配合公安机关的刑事侦查工作，并通过司法机关追究侵权人的刑事责任。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您在商标权领域有任何其他问题，欢迎直接向我咨询。