核心结论：肇事一方司机住院并不影响事故认定的办理，事故处理与赔偿程序仍可按正常流程进行。

详细解释与法律依据：

1. 事故认定的基本流程：

   • 根据《道路交通事故处理程序规定》，交通警察在接到事故报警后，会迅速赶赴现场，进行勘查、调查，并根据现场情况、当事人陈述、证人证言等证据，作出交通事故责任认定书。这一流程并不因肇事司机住院而中断或改变。
   • 即便肇事司机住院，交警部门仍会依法进行事故认定，确保事故责任的准确划分。

2. 住院期间的特殊处理：

   • 如果肇事司机因伤住院无法亲自到场配合调查，交警部门可能会通过其他方式（如询问其家属、调取监控录像等）来收集证据，确保事故认定的公正性和准确性。
   • 肇事司机住院期间，其家属或代理人可以代为处理事故相关事宜，包括与交警部门沟通、提供必要证据等。

3. 赔偿程序的推进：

   • 事故认定书作出后，双方当事人可以根据认定结果就赔偿问题进行协商。如果肇事司机住院，其家属或代理人可以代表其进行协商。
   • 如果协商不成，伤者可以在治疗终结后向法院提起民事诉讼，要求肇事司机及其保险公司进行赔偿。诉讼过程中，法院会依法审理，并根据事故认定书等证据作出判决。

4. 法律建议：

   • 保留证据：无论肇事司机是否住院，双方当事人都应妥善保管与事故相关的证据，如医疗记录、费用清单、发票、事故现场照片等，以便在后续处理中提供有力支持。
   • 积极沟通：肇事司机住院期间，其家属或代理人应积极与交警部门、伤者及其家属沟通，了解事故处理进展，表达赔偿意愿，避免矛盾升级。
   • 依法维权：如果伤者对赔偿结果不满意，或者肇事司机及其家属拒绝赔偿，伤者可以依法向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

• 如果肇事司机因伤势严重无法配合调查，且没有家属或代理人代为处理，交警部门可能会根据现有证据先行作出事故认定，并在认定书中注明相关情况。后续如果肇事司机或其家属对认定结果有异议，可以依法申请复核或提起诉讼。

总结与提醒： 肇事一方司机住院并不影响事故认定的办理和赔偿程序的推进。双方当事人应依法配合交警部门调查，积极协商赔偿事宜，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如果您在处理此类事故时遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。