店铺转让协议一般至少需要一式三份，具体分析如下：

1. 转让方保留一份：转让方作为协议的一方，需要保留一份协议原件作为其权益的证明。这份协议将详细记录转让的具体条款、条件以及双方的权利和义务，是转让方在后续可能出现的争议或纠纷中的重要法律依据。

2. 受让方保留一份：同样，受让方作为协议的另一方，也需要保留一份协议原件。这份协议对于受让方来说同样至关重要，它不仅是受让方支付转让费用、接收店铺及相关权益的依据，也是其在未来经营过程中维护自身权益的重要法律文件。

3. 备案或公证机构留存一份（如适用）：在某些情况下，为了增强协议的法律效力和公信力，双方可能会选择将协议进行备案或公证。这时，就需要将一份协议原件提交给相关的备案或公证机构进行留存。这样做的好处是，一旦协议出现争议或纠纷，备案或公证机构可以提供具有法律效力的证明文件，有助于双方更快地解决问题。

额外提醒：

• 在实际签订店铺转让协议时，双方应根据具体情况和实际需求来确定协议的份数。如果涉及多方参与或复杂交易结构，可能需要增加协议的份数以确保各方都能获得完整的协议副本。
• 无论协议份数多少，都应确保每份协议的内容完全一致，并由双方签字或盖章确认。这是保证协议有效性和可执行性的关键步骤。
• 如果对店铺转让协议的签订有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。