关于已支付进度款但逾期支付的逾期利息诉讼时效的起算点，通常是从实际付款之日起算，但具体还需结合实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一般原则：诉讼时效从知道或应当知道权利被侵害时起算
- 在合同纠纷中，诉讼时效的起算点一般遵循“知道或应当知道权利被侵害时”的原则。对于逾期支付的利息，如果双方在合同中明确约定了支付期限，那么从支付期限届满之日起，债权人就应当知道其权利受到了侵害，诉讼时效开始起算。但在此问题中，由于进度款已经支付，只是存在逾期支付利息的情况，且利息的支付往往与进度款的支付相关联，因此，在进度款实际支付后，债权人才能确切知道逾期利息的具体数额和支付情况，故从实际付款之日起算逾期利息的诉讼时效更为合理。
特殊情况：合同有特别约定或法律有特别规定
- 如果合同中对于逾期利息的诉讼时效起算点有特别约定，如约定从某个特定日期（非实际付款日）起算，那么应当遵循合同的约定。
- 另外，如果法律对于此类情况有特别规定，如规定了特定的诉讼时效起算点或计算方式，那么也应当按照法律的规定执行。不过，在目前的法律体系中，并未发现针对此类情况有特别的诉讼时效起算点规定。
实践中的操作建议
- 在实际操作中，为了避免纠纷和争议，建议债权人在进度款支付后，及时与债务人确认逾期利息的数额和支付情况，并保留好相关证据（如合同、付款凭证、利息计算表等）。
- 如果债务人拒绝支付逾期利息或双方对于逾期利息的数额存在争议，债权人可以在实际付款之日起的诉讼时效期间内，向法院提起诉讼或采取其他法律手段维护自己的合法权益。
举例说明：
假设甲乙双方签订了一份建设工程合同，约定了进度款的支付时间和逾期支付的利息计算方式。在合同履行过程中，甲方逾期支付了进度款，但在后续的某个时间点（即实际付款日）支付了进度款及相应的逾期利息（但利息数额可能存在争议或未完全支付）。此时，如果乙方认为甲方支付的逾期利息不足或未支付，那么乙方可以在实际付款之日起的诉讼时效期间内（一般为三年，但具体根据法律规定和合同约定可能有所不同），向法院提起诉讼要求甲方支付剩余的逾期利息。
总结与建议：
- 逾期利息的诉讼时效起算点通常与进度款的实际付款日相关联，但具体还需结合合同约定和法律规定综合判断。
- 为了避免纠纷和争议，建议债权人在进度款支付后及时与债务人确认逾期利息的数额和支付情况，并保留好相关证据。
- 如果遇到法律问题或争议，建议及时咨询专业律师（如我本人，李再庆律师，专注于建设工程、公司事务领域），以便更好地维护自己的合法权益。