若确实无犯罪事实却被记录档案，可按以下步骤处理：

1. 确认档案记录的具体内容及性质
   首先需明确“被上了档案”的具体所指，是公安机关的违法犯罪记录、检察院的不起诉记录，还是其他行政机关的处罚记录？不同记录的处理方式不同：

   • 公安机关的犯罪记录：若被错误记录为有犯罪记录（如刑事拘留后无罪释放、撤案或检察院不起诉），可向作出记录的公安机关提出书面异议，要求核查并更正。根据《公安机关办理犯罪记录查询工作规定》，若经核查确认无犯罪事实，公安机关应出具《无犯罪记录证明》并更正系统记录。
     
   • 检察院的不起诉记录：若案件经检察院审查后作出不起诉决定（如存疑不起诉、相对不起诉），该记录会留存在检察院系统，但通常不会影响“无犯罪记录”的认定。若需证明无犯罪，可向检察院申请出具《不起诉决定书》或《无犯罪记录证明》。
     
   • 行政处罚记录：若被错误记录为行政处罚（如治安拘留、罚款），需向作出处罚的行政机关提出异议，要求撤销处罚决定并更正记录。若行政机关拒绝，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 收集证据证明无犯罪事实
   向相关部门提出异议时，需提供充分证据证明无犯罪事实，例如：

   • 法院的《无罪判决书》《终止审理裁定书》；
     
   • 检察院的《不起诉决定书》《撤销案件决定书》；
     
   • 公安机关的《撤案决定书》《释放证明书》；
     
   • 其他能证明无罪的证据（如证人证言、监控录像等）。
     证据越充分，更正记录的成功率越高。

3. 通过法律程序纠正错误记录
   若相关部门拒绝更正，可依法采取以下措施：

   • 申请行政复议：向上一级行政机关或同级政府提出复议申请，要求撤销错误记录；
     
   • 提起行政诉讼：若复议未果，可向法院起诉，要求确认相关部门行为违法并责令更正；
     
   • 申请国家赔偿：若错误记录导致名誉权、就业权等受损，可依法申请国家赔偿。

4. 关注档案使用的合规性
   即使档案记录未更正，也可在档案被调取时主张权利：

   • 根据《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》，只有经法院判决有罪的人才会被记录为有犯罪记录，错误记录不应被提供给第三方；
     
   • 若用人单位或机构因错误记录拒绝录用、辞退等，可主张其侵犯平等就业权，要求赔偿损失。

总结：无犯罪事实却被记录档案，本质是行政或司法记录错误，需通过异议、复议、诉讼等程序纠正。关键在于明确记录性质、收集无罪证据，并依法主张权利。若需进一步协助，可直接向我咨询具体操作流程。