在刑事案件立案后，若发现同案嫌疑人实际上并无犯罪事实，司法机关会遵循一系列严谨且公正的程序来处理此类情况，以确保法律的公正实施和公民合法权益的保障。以下是详细的处理流程：
一、确认无犯罪事实
首先，司法机关会对案件材料进行全面、细致的审查，这包括但不限于报案记录、调查取证结果等。通过客观、严谨的评估，若确认同案嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微、不需要追究刑事责任，那么案件将进入下一步处理流程。
二、决定撤销案件或不起诉
公安机关立案侦查阶段：
- 若公安机关在侦查过程中发现同案嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，应当制作撤销案件决定书，并报县级以上公安机关负责人批准后执行。
- 同时，公安机关会立即释放被采取强制措施的犯罪嫌疑人，并通知原批准逮捕的人民检察院。
人民检察院自侦案件或审查起诉阶段：
- 人民检察院对直接受理的案件侦查终结后，或者审查公安机关移送起诉的案件时，若发现同案嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪事实并非该嫌疑人所为，应当作出不起诉决定。
- 不起诉决定作出后，人民检察院会立即释放已被逮捕的犯罪嫌疑人，并通知公安机关。同时，不起诉决定书会送达被不起诉人和其所在单位。
审判阶段：
- 在审判过程中，若合议庭认为证据不足以证明同案嫌疑人的犯罪事实存在，或者认定其无罪更为合理，应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
- 判决作出后，被告人应立即被释放。
三、解除强制措施并通知当事人
- 无论案件处于哪个阶段，一旦决定撤销案件或不起诉，司法机关应立即解除之前对同案嫌疑人采取的强制措施（如拘留、逮捕等）。
- 同时，司法机关会书面通知被采取强制措施的人及其家属，告知撤销案件或不起诉的决定及其理由，以及当事人享有的诉讼权利和救济途径。
四、处理后续事宜
国家赔偿：
- 若因错误立案导致同案嫌疑人遭受经济损失（如聘请律师进行辩护等合理支出），当事人有权依法申请国家赔偿。
- 赔偿义务机关（一般为作出错误决定的机关）应按照《中华人民共和国国家赔偿法》的规定给予相应赔偿。
开具无罪证明：
- 同案嫌疑人可向公安机关要求开具无罪证明，作为后续处理的依据。这有助于撤销限制人身自由等措施，并可作为恢复名誉、申请国家赔偿等的凭证。
移送相关线索：
- 若在侦查过程中发现案件虽不构成犯罪，但存在其他违法违规线索（如民事纠纷、行政违法行为等），侦查机关应将相关线索移送至有管辖权的部门处理。
责任追究与权益维护：
- 若相关办案人员因故意或重大过失导致错误立案，可能面临内部的纪律处分等责任追究。
- 同案嫌疑人可通过法律途径维护自己的合法权益，如提起民事诉讼、行政诉讼等。
综上所述，立案后若发现同案嫌疑人无犯罪事实，司法机关会依法撤销案件或作出不起诉决定，并妥善处理相关事宜，以保障公民的合法权益和司法的公正性。