立案后经讯问发现部分嫌疑人无犯罪事实的，应当依法撤销案件或终止对无罪嫌疑人的侦查，并释放相关人员；若案件涉及多人且部分人员有罪，则需对有罪人员继续侦查或移送审查起诉，同时确保无罪人员权益不受侵害。具体处理方式如下：

1. 撤销案件或终止侦查
   根据《刑事诉讼法》第163条，在侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；若嫌疑人已被逮捕，需立即释放并发给释放证明。若部分嫌疑人无犯罪事实，但案件仍涉及其他有罪人员，则对无罪嫌疑人终止侦查，释放并解除强制措施（如取保候审、监视居住）。例如，多人共同盗窃案中，若证据显示某嫌疑人未参与，则应终止对其侦查并释放。

2. 继续侦查有罪部分
   若案件涉及多人且部分人员有犯罪事实，公安机关需对有罪嫌疑人继续侦查，收集、固定证据，并在侦查终结后将案件移送人民检察院审查起诉。例如，诈骗团伙案中，若部分成员实际未参与诈骗行为，则仅对实施诈骗的成员继续侦查，并依法处理。

3. 保障无罪嫌疑人权益
   根据《刑事诉讼法》第56条，采用刑讯逼供等非法方法收集的证据应排除，不得作为起诉意见或判决依据。若讯问过程中发现嫌疑人无罪，应立即停止对其的强制措施，并确保其人身自由不受非法限制。例如，若嫌疑人因错误拘留被羁押，公安机关需及时纠正并赔偿损失。

4. 特殊情形处理
   若嫌疑人虽无犯罪事实，但涉嫌其他违法行为（如行政违法），公安机关可依法将其移送有关部门处理。例如，某嫌疑人因纠纷被错误立案为故意伤害，但讯问后发现其仅参与争吵，未动手，则可终止刑事侦查，转由行政机关对其扰乱公共秩序行为进行处罚。

总结：立案后发现部分嫌疑人无犯罪事实的，需根据案件具体情况依法撤销案件、终止侦查或释放人员，同时保障其合法权益。若案件涉及多人且部分人员有罪，则需对有罪部分继续侦查并移送起诉。如有进一步疑问，可直接向我咨询。