针对初中生两次主动殴打他人的情况，处理方式需结合行为性质、后果及未成年人保护原则综合判断，具体如下：

1. 民事赔偿与教育引导
   根据《民法典》第1188条，监护人需承担民事赔偿责任。若殴打行为造成他人人身损害（如医疗费、护理费等），受害方有权要求施暴者监护人赔偿。同时，学校或监护人应通过批评教育、心理干预等方式引导施暴者认识错误，避免再次发生。

2. 行政处罚的例外情形
   根据《治安管理处罚法》第21条，已满14周岁不满16周岁的初中生首次违反治安管理，原则上不执行行政拘留处罚；但若两次殴打行为情节严重（如持械、聚众或造成轻微伤以上后果），公安机关可依法作出行政处罚决定（如罚款），并责令监护人严加管教。

3. 校园纪律与司法干预

• 学校处理：依据《未成年人保护法》第39条，学校应启动欺凌防治机制，对施暴者给予纪律处分（如警告、记过），并开展法治教育。
  
• 司法介入：若行为构成犯罪（如故意伤害致人重伤），根据《刑法》第17条，已满12周岁不满14周岁者需经最高检核准追诉；已满14周岁者可能承担刑事责任，但依法从轻或减轻处罚。

建议行动步骤：

1. 立即制止暴力行为并固定证据（如监控、证人证言）；
   
2. 受害方监护人可要求学校组织调解，协商赔偿事宜；
   
3. 若行为持续升级，向公安机关报案或联系教育部门介入；
   
4. 关注施暴者心理状态，必要时通过社区、社工机构进行行为矫正。
   

未成年人案件需平衡“保护”与“惩戒”，建议各方以教育挽救为主，同时明确行为边界，避免纵容恶性循环。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。