免于起诉和不予起诉（不起诉）在现行法律体系下存在显著差异，主要体现为以下方面：

1. 法律性质与制度现状

   • 免于起诉：该制度已于1996年《刑事诉讼法》修订时被废除，属于历史概念。其原指检察机关对构成犯罪但依法不需判处刑罚或可免除刑罚的被告人，决定不提起公诉的制度。由于缺乏审判程序、可能侵犯被告人权利（如未经审判即认定有罪），现已不再适用。
     
   • 不起诉：现行有效制度，指检察机关对侦查终结的案件审查后，认为不符合起诉条件（如证据不足、情节轻微等），依法作出不将案件移送法院审判的决定。其核心在于保障人权与司法公正，遵循无罪推定原则。

2. 适用条件与类型

   • 不起诉分为三类：
     
     • 法定不起诉：适用于无犯罪事实、情节显著轻微不认为是犯罪、已过追诉时效、经特赦令免除刑罚、告诉才处理的犯罪未告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人/被告人死亡等情形。
       
     • 酌定不起诉：针对犯罪情节轻微，不需判处刑罚或可免除刑罚的情况（如自首、立功、积极赔偿损失并取得谅解等）。
       
     • 存疑不起诉：案件证据不足，不符合起诉条件，即使补充侦查后仍无法认定犯罪。
       
   • 免于起诉（历史制度）：原适用于犯罪情节轻微，虽有犯罪行为但基于特定情节（如自首、立功）不需判处刑罚或可免除刑罚的情况，现已被酌定不起诉等情形吸收。

3. 法律后果与权利救济

   • 不起诉：
     
     • 法定不起诉和存疑不起诉视为无犯罪记录；酌定不起诉虽构成犯罪但因情节轻微通常也不留犯罪记录。
       
     • 被不起诉人不服决定可在规定时间内向人民检察院申诉；被害人对不起诉决定不服的，可向上一级检察院申诉或直接向法院起诉。
       
   • 免于起诉（历史制度）：
     
     • 行为被认定为犯罪，可能留下犯罪记录，但不给予刑罚处罚。
       
     • 缺乏公开审判程序，救济途径有限，易引发“未经审判即定罪”的争议。

4. 程序处理与司法影响

   • 不起诉：由检察机关根据案件具体情况，按法定程序审查决定。决定后公开宣布不起诉决定书，送达被不起诉人及其单位，被羁押者应立即释放。其体现宽严相济刑事政策，促进司法效率。
     
   • 免于起诉（历史制度）：原需经过审查和决定程序，由检察机关根据案件事实和法律规定作出决定。但因制度缺陷，历史上易导致权力滥用，损害司法公信力。

典型案例说明

• 不起诉案例：某企业涉嫌轻微污染环境罪，检察机关综合考量其自首、积极整改等因素，决定酌定不起诉，企业得以继续经营。
  
• 免于起诉历史遗留问题：上世纪80年代，部分案件因“免予起诉”导致当事人长期背负“有罪”标签，直至制度废除后才得以纠正。

结论与建议
当前法律体系中仅保留“不起诉”制度，其核心在于保障人权与司法公正；“免予起诉”已成为历史概念，不可混用。若您涉及相关案件，建议根据具体情形（如证据充分性、犯罪情节等）向专业律师咨询，以确保合法权益得到最大保障。