结论：法院免于刑事处罚后，事业编制能否保留需结合具体情形判断，主要取决于单位规章制度、犯罪性质及后果等因素，以下分情况说明：

1. 单位规章制度的影响
   事业单位对员工违法犯罪行为的处理通常依据内部规章制度（如《事业单位工作人员处分暂行规定》）。若单位明确规定“被追究刑事责任者一律开除”，则即使法院免于刑事处罚，单位仍可能依据规章制度解除聘用关系；若制度未明确规定或规定“需实际判处刑罚才开除”，则可能保留编制。

2. 犯罪性质与后果的考量
   根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十二条，事业单位工作人员被依法判处刑罚的，给予降低岗位等级或者撤职以上处分。其中，被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。但“免于刑事处罚”意味着未被实际判处刑罚，因此单位若以“被追究刑事责任”为由开除，可能面临法律争议。此时需结合犯罪情节（如是否故意犯罪、是否造成严重后果）综合判断，若犯罪情节轻微且社会危害性低，单位可能选择保留编制。

3. 程序合法性的审查
   即使单位决定开除，也需遵循法定程序（如事先通知工会、听取申辩等）。若程序违法，员工可申请劳动仲裁或提起诉讼主张权利。例如，单位未履行告知义务直接开除，可能被认定为违法解除聘用关系，需承担赔偿责任。

建议：

• 查阅单位规章制度，明确“被追究刑事责任”的具体定义及处理方式；
  
• 若单位决定开除，可要求其出具书面决定并说明依据；
  
• 对处理结果有异议的，可依法申请劳动仲裁或提起诉讼维护权益。
  

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