结论：牙齿断了两个，有医疗记录但未做司法鉴定，三年后是否还能认定，这主要取决于是否超过了诉讼时效以及能否提供充分证据证明损害事实和因果关系。

分析说明：

1. 诉讼时效问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，从您知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起，您有三年的时间来提起诉讼。
   • 如果三年内您未提起诉讼，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么您可能会丧失胜诉权。但请注意，诉讼时效的起算点可能因具体情况而有所不同，例如，如果您在三年内持续与医疗机构协商或寻求其他解决途径，诉讼时效可能会因此中断并重新计算。

2. 证据问题：

   • 医疗记录是证明您牙齿断裂事实的重要证据。然而，仅有医疗记录可能不足以完全证明医疗机构的过错或因果关系。
   • 司法鉴定是确定医疗机构是否存在过错以及过错与损害结果之间因果关系的重要手段。虽然您未在三年内进行司法鉴定，但如果现在能够找到有资质的鉴定机构进行鉴定，并且鉴定结果对您的案件有利，那么这仍然是一个有力的证据。
   • 除了医疗记录和司法鉴定外，您还可以考虑收集其他证据，如证人证言、现场照片、视频等，以证明您的损害事实和因果关系。

3. 实际操作建议：

   • 尽快咨询专业律师：律师可以根据您的具体情况，评估案件的胜诉可能性，并为您提供专业的法律建议。
   • 收集并保存证据：除了医疗记录外，尽量收集其他与案件相关的证据，如鉴定报告、证人证言等。
   • 考虑诉讼时效：如果距离您知道或应当知道权利受到损害之日起已经超过三年，且没有诉讼时效中断、中止等法定情形，那么您需要谨慎考虑是否提起诉讼。但请注意，即使超过诉讼时效，您仍然可以尝试与医疗机构协商解决或寻求其他非诉讼途径解决纠纷。

特殊场景：

• 如果您在三年内曾经向医疗机构提出过赔偿要求，或者医疗机构曾经承认过其过错，那么这些情况可能会构成诉讼时效的中断，从而延长您的诉讼时效期间。
• 如果您能够证明医疗机构存在故意隐瞒、欺诈等行为，导致您未能及时提起诉讼，那么您也可能有机会在超过诉讼时效后仍然获得法律保护。

行动建议：

• 鉴于您的情况较为复杂，且涉及法律专业知识和诉讼技巧，我建议您尽快咨询一位专业律师，以便更准确地评估您的案件情况并制定合适的法律策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。