若员工是在逃人员，用人单位发现后不能直接为其发放工资，而应立即向公安机关报告，并配合调查，不存在所谓“发工资手续”问题。以下从法律责任、操作流程、后续处理三个角度详细说明：

法律责任

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百五十五条，任何单位和个人发现有犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权利也有义务向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者举报。用人单位若明知员工是在逃人员仍为其发放工资，可能涉嫌包庇、窝藏犯罪嫌疑人，需承担相应法律责任。

操作流程

1. 立即报告：发现员工是在逃人员后，用人单位应第一时间向当地公安机关报案，提供员工身份信息、在逃线索（如最后出现时间、地点、可能的藏匿地点等）。
2. 配合调查：公安机关介入后，用人单位需积极配合调查，提供员工入职资料、考勤记录、工资发放记录等证据材料，协助公安机关尽快抓捕在逃人员。
3. 暂停工资发放：在公安机关未明确处理意见前，用人单位应暂停为该员工发放工资，避免因不当行为引发法律风险。

后续处理

1. 劳动关系处理：若员工被依法逮捕或刑事拘留，用人单位可根据《劳动合同法》第三十九条，以“被依法追究刑事责任”为由解除劳动合同，无需支付经济补偿。
2. 工资结算：若员工最终被无罪释放或未被追究刑事责任，用人单位需根据实际工作情况结算工资；若被追究刑事责任，工资结算需结合劳动合同约定及法律规定处理。
3. 内部管理：用人单位应加强员工背景审查，完善入职登记制度，避免类似情况再次发生。

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