结论前置：格式条款本身并不等同于协议管辖，但格式条款中可以包含协议管辖的内容。格式条款中的管辖协议是否有效，需根据具体情况判断，包括是否遵循法定提示说明义务、是否存在法定无效情形以及是否违反级别管辖和专属管辖规定。
一、格式条款与协议管辖的关系
格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。而协议管辖，则是指合同或其他财产权益纠纷的当事人，在纠纷发生前或发生后，通过书面协议选择管辖法院的一种制度。格式条款中可以包含协议管辖的内容，即双方可以在格式条款中约定争议解决的方式和管辖法院。
二、格式条款中管辖协议的有效性判断
遵循法定提示说明义务：
- 提供格式条款的一方在订立合同时，必须按照合理的方式提示对方注意管辖协议条款，并对该条款予以说明，使对方能够充分理解其含义。例如，采用显著字体、不同颜色、专门提示等方式进行标注，并提供相关链接或说明文档以供查阅。
- 若提供方未依法履行提示或说明义务，导致对方未能注意或理解管辖协议条款，则该条款可能不成为合同的内容，管辖协议无效。
不存在法定无效情形：
- 管辖协议不得存在《民法典》等法律规定的无效情形，如欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家利益、集体利益或第三人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益以及违反法律、行政法规的强制性规定等。
- 同时，管辖协议也不得排除对方的主要权利或不合理地加重对方的负担。
不违反级别管辖和专属管辖规定：
- 管辖协议的选择必须遵守法律关于级别管辖和专属管辖的规定。级别管辖设定了各级别法院处理诉讼案件的权力及分工范畴，而专属管辖则严格要求某类特定案件只能由特定级别的法院管辖。
- 如果管辖协议违反了这些规定，即使双方有约定，该协议也是无效的。例如，将涉及不动产纠纷的案件约定由不动产所在地之外的法院管辖，或因标的额不符合规定而选择了不适当的法院级别。
三、实践中的注意事项
证据留存：
- 主张管辖协议无效的一方需提供证据证明对方未履行提示说明义务，如合同条款未突出显示、无签字确认记录等。
司法审查标准：
- 法院会结合条款位置、字体大小、颜色对比等因素综合判断是否尽到提示义务，仅以“已提供合同文本”为由难以获得支持。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 《中华人民共和国民法典》第四百九十六条：格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。
综上所述，格式条款中可以包含协议管辖的内容，但其有效性需根据具体情况判断。当事人在签订含有格式条款的合同时，应特别注意管辖协议部分，确保所选择的管辖法院与争议事项有实际联系、符合法律法规要求，并且提供方已依法履行了提示和说明义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。