非法证据和不合法证据被法院排除后，依法不再作为认定案件事实的依据，即这些证据在法律上被视为无效证据。以下是对这一问题的详细分析：
一、非法证据与不合法证据的定义及排除规则
非法证据：
- 非法证据主要指的是通过非法手段收集的证据，如刑讯逼供、暴力、威胁等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述，以及证人证言、被害人陈述等。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。
不合法证据：
- 不合法证据通常指的是收集程序不符合法定程序的证据，如没有搜查证而进行搜查、扣押物品时没有制作扣押清单或清单记载不完整等。
- 同样依据《刑事诉讼法》第五十六条，收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
二、排除非法证据和不合法证据的目的与意义
保障公民基本权利：
- 排除非法证据和不合法证据有助于防止公权力对公民权利的非法侵害，如刑讯逼供、非法搜查等，从而保障公民的人身自由、住宅不受侵犯以及通信自由和通信秘密等基本权利。
确保司法公正：
- 非法证据和不合法证据的排除有助于维护司法的纯洁性和公信力，确保案件的审理基于合法、公正的证据，避免因为非法或不合法证据而导致的冤假错案。
促进程序正义：
- 排除非法证据和不合法证据强调了程序正义的重要性，要求司法机关在办案过程中必须严格遵守法定程序，确保每一个环节都合法合规。
三、排除后的法律后果
证据无效：
- 一旦证据被法院依法排除，该证据即失去法律效力，不得再作为认定案件事实的依据。
案件处理：
- 法院在排除非法证据和不合法证据后，将依据其他合法、有效的证据来审理案件，确保案件的公正处理。
四、实际操作中的注意事项
证据的补正与合理解释：
- 对于不符合法定程序收集的物证、书证，并非一律排除。侦查机关可以通过一定方式进行补正，如补充制作相关笔录、完善扣押清单等；或者对违法收集证据的情况作出合理的解释，说明违法收集的原因以及该违法行为未对证据的真实性产生实质性影响。若能够成功补正或作出合理解释，则相关证据仍有可能被采纳。
严格遵循法定程序：
- 司法机关在办案过程中必须严格遵守法定程序，确保每一个环节都合法合规，避免因为程序违法而导致证据被排除。
总结来说，非法证据和不合法证据被法院排除后，依法不再作为认定案件事实的依据，即这些证据在法律上被视为无效证据。这一规则旨在保障公民的基本权利，确保司法公正，促进程序正义。在实际操作中，司法机关应严格遵循法定程序，确保每一个案件的处理都经得起法律和历史的检验。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。