事业单位入职五年内限制离职是否合法，需分情况讨论：

1. 若合同中未约定服务期及违约责任：

   • 结论：事业单位工作人员有权依法辞职，不受五年限制。
   • 法律依据：根据《事业单位人事管理条例》第十七条，事业单位工作人员提前30日书面通知事业单位，可以解除聘用合同，除非双方对解除聘用合同另有约定。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条也规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这一规定同样适用于事业单位的工作人员。
   • 辞职程序：
     1. 提交书面申请：需提前30日（试用期为3日）以书面形式向单位提交辞职报告，明确表达辞职意愿和离职时间。
     2. 单位审查：单位在收到辞职报告后，应在一定期限内进行审查，并根据实际情况决定是否同意辞职。若同意，则进入离职手续办理阶段；若不同意，需给出合理理由。
     3. 工作交接：在离职前，需完成与工作相关的一切交接，包括工作设备、文件、证件等，确保工作的连续性和稳定性。
     4. 人事档案处理：离职后，个人档案需按规定转移至人才服务机构或新单位，同时办理社保账户的转接手续。

2. 若合同中约定了服务期及违约责任：

   • 结论：事业单位工作人员在服务期内辞职需承担违约责任，但并非完全不能辞职。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
   • 可能面临的后果：
     • 违约责任：若聘用合同中明确约定了服务期及违反服务期的违约责任（如违约金条款），辞职时可能需要承担相应的违约责任，支付违约金。
     • 人事档案影响：未经单位批准擅自离职，可能会在人事档案处理上遇到问题，如被单位作自动离职处理，这将影响后续就业、职称评定等方面对档案的审核使用。
     • 职业发展限制：部分地区的事业单位招聘规定中，有服务期内离职等不良记录的人员在一定期限内不得报考当地事业单位，这将对个人的职业发展产生一定影响。
   • 特殊情况处理：
     • 对于涉及国家秘密等特殊岗位的事业编人员，在辞职时需按照相关规定完成脱密期等特定程序后方可提出。
     • 若单位无合理理由拒绝辞职申请，可以通过与单位领导沟通、向当地人事仲裁机构申请调解或诉讼等方式来维护自己的合法权益。

建议：在做出辞职决定前，建议仔细研读相关法律法规和合同条款，明确自己的权利和义务。若认为单位存在违法行为（如强制签订不合理合同、违法延长试用期等），可通过法律途径维护权益。同时，在辞职过程中，务必遵循法定程序，确保自己的辞职行为合法有效。

总结：事业单位入职五年内限制离职是否合法，取决于合同中是否约定了服务期及违约责任。若未约定，则有权依法辞职；若约定了，则需承担违约责任后辞职。在辞职过程中，务必遵循法定程序，并充分考虑可能面临的后果和影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。