补休假通常不会扣全勤奖金，但具体是否扣除需依据单位规章制度及劳动合同内容确定。以下从多个角度进行分析：
法律规定层面
带薪年休假制度：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，从法律角度，职工休年假是其合法权益，不应因此影响全勤奖的获得。
全勤奖的发放原则：
- 全勤奖旨在奖励严格遵守劳动纪律和出勤制度的员工，其发放条件通常包括在公司规定的上班时间内未出现迟到、早退、旷工、病事假等情形。年休假作为劳动者的法定休假，不应被视为违反出勤制度或劳动纪律的行为，因此一般不影响全勤奖的发放。
企业规定层面
多数企业规定不扣全勤奖：
- 许多企业在制定内部规章制度时，会明确将带薪年假排除在全勤奖考核范围之外。例如，一些企业会在员工手册中清晰表述：“员工依法享受的带薪年假、婚假、产假等法定假期，不计入全勤奖的缺勤统计。”这样的规定既符合法律法规要求，也体现了企业对员工福利的重视。
少数特殊规定的处理：
- 个别企业可能出于管理需要，在规章制度中规定休年假会影响全勤奖。但这种规定必须合法合理，且在制定过程中需经过民主程序（如职工代表大会讨论通过），并向员工公示告知。若员工认为此类规定不合理，可通过协商或法律途径维护自身权益。
特殊情况分析
未提前申请导致的工作安排问题：
- 若员工未按企业规定提前申请年假，导致工作安排受影响（如紧急任务无法完成），企业可能根据内部制度扣除相应绩效分数，但这与全勤奖无直接关联。全勤奖通常只考核是否出勤，而非具体工作内容完成情况。
全勤奖定义差异的影响：
- 部分企业将“全勤”定义为自然月内无任何请假记录，包括年假。这种情况下，休年假确实可能影响全勤奖。但需注意，此类定义需在企业规章制度中明确说明，否则可能因违反法律规定而无效。
法律建议与风险提示
- 了解并遵守公司规章制度：员工在入职时应仔细审查劳动合同中关于全勤奖金和年休假的相关规定，对于不明确的地方，应向单位的人力资源部门或相关负责人咨询清楚，以避免产生纠纷。
- 维护自身权益：若单位因员工休年休假而扣除全勤奖，员工应首先与单位协商沟通，要求按规定支付全勤奖。协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，补休假是否会扣全勤奖金主要取决于单位的具体规定和劳动合同的约定。在一般情况下，补休假期间员工应享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括全勤奖金等福利待遇。然而，如果单位有合法有效的规定或合同约定休年休假会扣除全勤奖，则用人单位有权按照规定执行。因此，员工在请补休假前应仔细了解相关规定和约定，以避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。