休年假通常不会扣全勤奖，但具体是否扣除需依据公司规章制度及劳动合同来确定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律法规层面：

   • 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，从法律角度讲，休年假是职工的合法权益，单位应当保证职工享受年休假，且年休假期间工资照发。
   • 全勤奖通常是公司为了鼓励员工全勤而设立的一种奖励制度，其发放与否及发放标准一般由公司自行规定。但公司的规章制度不得违反法律法规的强制性规定。

2. 公司规章制度层面：

   • 如果公司的规章制度中明确规定休年假会扣除全勤奖，那么这一规定可能涉嫌违法，因为年休假是职工的法定权利，单位不得因职工休年假而剥夺其应得的奖励。
   • 如果公司的规章制度中没有明确规定休年假会扣除全勤奖，或者规定不扣除，那么职工休年假时就不应被扣除全勤奖。

3. 劳动合同层面：

   • 劳动合同是职工与单位之间约定双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了休年假会扣除全勤奖，那么这一约定可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
   • 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不扣除全勤奖，那么职工休年假时就不应被扣除全勤奖。

建议：

• 如果你对公司的全勤奖扣除政策有疑问，首先可以查阅公司的规章制度和劳动合同，了解相关规定。
• 如果认为公司的规定违反了法律法规或劳动合同的约定，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达你的诉求和理由。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总之，休年假是职工的法定权利，单位应当保障职工享受年休假并支付相应的工资。全勤奖的扣除与否需依据公司规章制度和劳动合同来确定，且不得违反法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。