在自家别墅院子里建集装箱房是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及土地用途、规划许可和建设许可三个方面。以下从这三个角度详细分析：

1. 土地用途

• 核心前提：别墅院子通常属于住宅用地，土地用途已明确为居住。
• 法律分析：根据《土地管理法》及相关规定，土地用途需严格按规划使用，不得擅自改变。若集装箱房用于居住或与居住相关的辅助功能（如储物、休闲），且未改变土地用途，一般不违法；但若用于商业、工业等非居住用途，则可能涉嫌改变土地用途，需办理变更手续。
• 建议：先确认土地用途是否允许建设集装箱房，若用途不符，需向自然资源部门申请变更。

2. 规划许可

• 核心前提：别墅院子建设需符合城乡规划要求。
• 法律分析：根据《城乡规划法》，建设房屋需取得建设工程规划许可证。集装箱房虽非传统建筑，但若固定于地面、形成永久性结构，仍需规划许可。若未取得许可擅自建设，可能被认定为违法建筑，面临拆除或罚款。
• 例外情况：若集装箱房为临时性、可移动结构，且未影响规划实施，可能无需规划许可，但需符合地方规定。
• 建议：向当地规划部门咨询是否需要规划许可，并办理相关手续。

3. 建设许可

• 核心前提：建设房屋需符合建筑安全、消防等要求。
• 法律分析：即使取得规划许可，建设集装箱房还需符合《建筑法》《消防法》等规定，如结构安全、消防通道、防火间距等。若未满足要求，可能无法通过验收，甚至面临安全责任。
• 建议：委托专业机构设计，确保集装箱房符合建筑安全、消防等标准，并办理施工许可（如需）。

4. 地方性规定

• 核心前提：部分地区可能对集装箱房有特殊规定。
• 法律分析：一些地方可能出台政策，对集装箱房的用途、规模、审批流程等作出具体规定。例如，部分城市允许在特定区域（如工业园区、物流园区）使用集装箱房作为临时办公或仓储用房，但需符合相关条件。
• 建议：向当地政府部门（如自然资源、规划、住建等）咨询地方性规定，确保合规。

5. 法律后果

• 违法建设：若未取得规划许可或建设许可擅自建设，可能面临以下后果：
  • 责令停止建设、限期拆除；
  • 罚款（如按建筑面积或工程造价的一定比例）；
  • 强制拆除（若逾期未拆除）。
• 安全责任：若集装箱房存在安全隐患，导致事故，建设者可能承担民事赔偿甚至刑事责任。

总结建议

1. 确认土地用途：向自然资源部门查询土地用途，确保建设符合规划。
2. 办理规划许可：若需规划许可，向规划部门申请并提交相关材料。
3. 符合建设标准：确保集装箱房符合建筑安全、消防等要求，必要时委托专业机构设计。
4. 咨询地方规定：向当地政府部门了解地方性规定，确保合规。
5. 避免违法建设：若未取得许可或不符合标准，切勿擅自建设，以免面临法律风险。

如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细解答。