关于公司换签劳动合同主体后起诉时是否分开起诉的问题，这主要取决于具体的法律关系和案件情况，不能一概而论。以下是从不同角度的分析：

1. 如果换签劳动合同主体涉及的是同一法律关系或同一事实基础：

   • 在这种情况下，通常不建议分开起诉。因为分开起诉可能会导致诉讼资源的浪费，增加当事人的诉讼成本，同时也可能给法院带来不必要的重复审理工作。如果换签劳动合同主体是基于公司内部的调整或重组，且这种调整或重组并未改变劳动者与用人单位之间的基本劳动关系，那么将相关争议一并起诉更为合理。

2. 如果换签劳动合同主体涉及的是不同的法律关系或不同的事实基础：

   • 在这种情况下，可能需要考虑分开起诉。例如，如果换签劳动合同主体是因为原用人单位将业务或资产转让给了另一个独立的法人实体，且这种转让导致了劳动者与新用人单位之间建立了新的劳动关系，那么劳动者可能需要根据不同的法律关系和事实基础，分别向原用人单位和新用人单位主张权利。在这种情况下，分开起诉可能是必要的，以便更清晰地界定各方的法律责任和权益。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。如果用人单位发生合并、分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。因此，在换签劳动合同主体时，应仔细审查相关法律规定，确保劳动者的权益不受侵害。
• 建议：在面对公司换签劳动合同主体的情况时，劳动者应首先了解换签的具体原因和背景，评估自己的权益是否受到侵害。如果认为自己的权益受到侵害，可以与用人单位进行协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。在起诉时，应根据具体情况决定是否分开起诉，并咨询专业律师的意见，以确保诉讼策略的合理性和有效性。

可能法律后果：

• 如果选择不当的起诉方式（如不必要的分开起诉），可能会导致诉讼成本增加、诉讼周期延长，甚至可能因证据不足或法律关系界定不清而败诉。因此，在决定起诉方式时，应充分考虑各种因素，包括法律关系、事实基础、证据情况等。

总结与进一步思考：

• 公司换签劳动合同主体后起诉时是否分开起诉，取决于具体的法律关系和案件情况。劳动者在面对这种情况时，应保持冷静，仔细分析自己的权益是否受到侵害，并咨询专业律师的意见。同时，也应了解相关法律规定和诉讼程序，以便更好地维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。