结论：劳务派遣公司扣除您三天工资的行为是否合法，需根据具体情况判断，若扣除工资无合法依据，则不合法；若存在合法扣除情形，则可能合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、若扣除工资无合法依据，则不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十条：“劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。”
- 同时，《工资支付暂行规定》第十五条也明确规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：……（此处列举的合法扣除情形并不包括因办理离职手续而扣除工资）”。
分析说明：
- 在您的情况下，劳务派遣公司作为用人单位，应当按照约定向您支付劳动报酬，不得无故克扣。
- 若劳务派遣公司仅因您办理离职手续就扣除三天工资，且没有提供合法依据（如您存在损坏公司财物、违反公司规章制度等应承担赔偿责任的情形），则这种扣除行为是不合法的。
建议行动：
- 您有权要求劳务派遣公司说明扣除工资的具体原因，并提供相关证据。
- 若劳务派遣公司无法提供合法依据，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁途径维护自己的合法权益。
二、若存在合法扣除情形，则可能合法
可能的合法扣除情形：
- 虽然一般情况下，用人单位不得克扣劳动者工资，但若存在特定情形，如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，且双方在劳动合同中有明确约定，用人单位可以按照约定扣除劳动者工资以赔偿损失。不过，这种扣除通常有一定限制，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 在您的情况下，若劳务派遣公司能证明您存在故意或重大过失导致公司损失，且双方劳动合同中有相关约定，那么扣除部分工资作为赔偿可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要劳务派遣公司提供充分证据。
分析说明：
- 即便存在上述合法扣除情形，劳务派遣公司也需严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，不得随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
- 若劳务派遣公司无法提供充分证据证明其扣除行为的合法性，或者扣除行为违反了相关法律法规和劳动合同约定，则仍然是不合法的。
建议行动：
- 若劳务派遣公司声称存在合法扣除情形，您有权要求其提供相关证据和法律依据。
- 若您对劳务派遣公司的扣除行为有异议，可以咨询专业律师或当地劳动监察部门，了解自己的权益和维权途径。
总结与进一步思考：劳务派遣公司扣除您三天工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。若扣除无合法依据，则您有权维护自己的合法权益；若存在合法扣除情形，也需严格遵守相关法律法规和劳动合同约定。在处理此类纠纷时，建议您保持冷静、理性，通过合法途径维护自己的权益。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。