结论前置：针对您提出的“公司跟员工协议解除劳动合同后，已没劳动合同了，清算组不认可劳动关系”的问题，关键在于通过其他证据来证明劳动关系的存在，并据此维护自己的合法权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、劳动关系的证明
书面解除协议：
- 尽管劳动合同已经解除且原件可能不再保留，但双方签订的解除劳动合同的书面协议是证明劳动关系曾经存在并已解除的重要证据。如果这份协议还在，应妥善保管并作为证明劳动关系的依据。
其他书面证据：
- 工资单、银行转账记录：这些可以证明公司曾经向您支付过工资，是劳动关系存在的直接证据。
- 工作证、工作服、考勤记录：这些物品或记录可以证明您曾经在公司工作过，是劳动关系存在的间接证据。
- 同事证言：如果可能的话，找到曾经的同事作为证人，他们的证言也可以作为证明劳动关系的辅助证据。
电子证据：
- 电子邮件、短信、微信聊天记录：如果与公司之间的沟通是通过这些电子方式进行的，且内容涉及工作安排、工资发放等，也可以作为证明劳动关系的证据。
二、清算组不认可劳动关系的应对
与清算组沟通：
- 首先，尝试与清算组进行沟通，解释您与公司之间的劳动关系，并提供上述证据以支持您的主张。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认您与公司之间的劳动关系，并据此主张您的权益，如未支付的工资、经济补偿金等。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提交上述证据以支持您的仲裁请求。劳动仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，要求法院确认劳动关系并判决公司承担相应的法律责任。
三、法律建议
及时收集证据：
- 在发现清算组不认可劳动关系后，应尽快收集上述证据，以免证据灭失或难以获取。
咨询专业律师：
- 劳动法律关系复杂且涉及众多细节，如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。
关注时效问题：
- 无论是申请劳动仲裁还是提起诉讼，都需要注意时效问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，请务必在时效期间内主张自己的权利。
最后，面对清算组不认可劳动关系的情况，您应保持冷静并积极采取措施来证明劳动关系的存在。通过收集证据、与清算组沟通、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式，您可以有效地维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。