在探讨如何使公司工资结构合法化的问题时，我们首先要明确的是，任何工资结构的调整或设定都必须严格遵循国家的相关法律法规，并确保与员工之间达成充分的协商一致。以下是一份详细且具有操作性的指南，帮助您合法合规地调整或设定公司工资结构：
一、遵循法律法规
基础法律原则：根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司在设定或调整工资结构时，必须坚守平等自愿、协商一致的原则。这意味着，公司不能单方面决定工资结构的变更，而必须与员工进行充分的沟通和协商。
最低工资标准：确保调整后的工资结构中，员工的工资不低于当地政府规定的最低工资标准。这是保障员工基本生活需求的法律底线，公司必须严格遵守。
劳动合同变更：如果工资结构的调整涉及到劳动合同内容的变更，那么根据《劳动合同法》第三十五条，公司必须与员工协商一致，并采用书面形式变更劳动合同。这是确保调整合法性的关键步骤。
二、协商一致的过程
制定详细方案：公司应首先制定一份详细的工资结构调整方案，包括调整的原因、目的、具体内容以及实施时间等。这份方案应尽可能全面、具体，以便员工能够充分了解调整的具体情况。
公布并征求意见：将调整方案向全体员工公布，并通过职工代表大会或全体职工会议等方式征求员工的意见和建议。这一步骤有助于增强员工的参与感和归属感，同时也有助于公司收集员工的反馈，对方案进行进一步的完善。
民主协商：与工会或职工代表进行平等协商，充分听取并考虑员工的意见和建议。在协商过程中，公司应保持开放和透明的态度，积极回应员工的关切和疑问。
签订书面协议：在双方达成一致后，公司应与员工签订书面的劳动合同变更协议。这份协议应明确调整后的工资结构、计算方式、生效时间等关键信息，以确保双方对调整内容有清晰的认识和理解。
三、沟通与告知
详细沟通解释：在调整前，公司应向员工详细说明调整的原因、目的以及可能对员工工资收入产生的影响。通过充分的沟通解释，争取员工的理解和支持。
正式书面告知：通过书面通知等正式方式，将调整决定传达给每位员工。通知内容应完整、清晰，包括调整的具体内容、生效时间以及员工的权利和义务等。
四、保留相关证据
公司应妥善保留与工资结构调整相关的所有证据，如会议记录、协商记录、书面通知以及员工的签字确认件等。这些证据在应对可能的劳动纠纷时至关重要，能够证明调整的合法性和合理性。
五、员工权益保障
公司应时刻牢记保障员工的合法权益。如果公司违反法律法规单方面调整工资结构，员工有权向劳动行政部门投诉、申请仲裁或提起诉讼。同时，工会也负有监督权，可以为员工提供支持和帮助。
综上所述，使公司工资结构合法化是一个复杂而敏感的过程。公司必须严格遵守国家的相关法律法规，确保与员工之间达成充分的协商一致，并妥善保留相关证据。只有这样，才能确保工资结构的调整既合法又合理，维护公司和员工的双方合法权益。