结论：起诉小三和丈夫是否会让他们留下案底，这主要取决于案件的性质以及最终判决结果。在大多数情况下，如果是民事纠纷，他们通常不会留下案底；但如果涉及刑事犯罪并被判定有罪，则会留下犯罪记录。
详细分析：
民事纠纷情况：
- 当起诉小三和丈夫的案件属于民事纠纷，例如原配因小三介入导致财产权益受损，进而提起民事诉讼要求返还夫妻共同财产等，这类案件不涉及犯罪行为，只是私人间的权益争议。
- 在民事诉讼过程中，即便丈夫作为与案件有关联的第三方参与其中，只要他没有实施犯罪行为，就不会产生刑事意义上的案底。民事诉讼的结果只是确定双方的民事权利义务关系，如判决小三停止侵害、赔偿损失，或判决丈夫承担相应的民事责任等，并不涉及刑事责任的判定。
刑事犯罪情况：
- 如果小三或丈夫的行为构成刑事犯罪，例如重婚罪（明知他人有配偶而与之结婚或以夫妻名义同居生活），并且被公安机关立案、检察院提起公诉、法院最终判决有罪，那么就会留下案底。根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百五十八条的规定，重婚罪可处二年以下有期徒刑或者拘役。
- 此外，如果在诉讼过程中小三或丈夫存在其他犯罪行为（如诈骗、伪造证据、妨碍司法公正等），并被法院认定构成犯罪，同样会留下案底。
特殊情况说明：
- 在民事诉讼过程中，如果小三或丈夫实施了与诉讼相关的犯罪行为，并且这些行为被法院认定构成犯罪，那么他们也会因此留下案底。这强调了无论案件性质如何，只要涉及犯罪行为并受到刑事处罚，都会留下犯罪记录。
建议与指导：
- 对于您而言，如果决定起诉小三和丈夫，应首先明确案件的性质和目的。如果是为了维护自己的财产权益或解决其他民事纠纷，那么应准备好相关证据，通过民事诉讼途径解决。
- 如果发现小三或丈夫的行为涉嫌犯罪，如重婚罪等，那么可以收集相关证据，并向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查和起诉。在这种情况下，如果法院最终判决他们有罪，那么他们就会留下案底。
- 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，遵守法律法规和诉讼程序。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。
综上所述，起诉小三和丈夫是否会让他们留下案底取决于案件的具体性质和最终判决结果。在民事案件中通常不会留下案底，但在刑事案件或涉及犯罪行为的情况下则可能会留下犯罪记录。因此，在处理相关法律问题时，请务必谨慎行事，并寻求专业的法律帮助。