结论：工厂因员工做坏产品而直接扣钱（罚款），在大多数情况下是不合法的。但在特定条件下，如果工厂有合法且经过民主程序制定的规章制度，并明确规定了赔偿责任，那么依据该规章制度要求员工承担合理赔偿可能是合法的。以下是对此问题的详细分析：
不合法的理由
法律权限限制：
- 在我国劳动法律法规中，用人单位并不具备对劳动者进行罚款的行政权力。罚款作为一种行政处罚行为，其行使主体特定，只能由法律授权的行政机关实施，工厂作为用人单位，无权直接对员工进行罚款。
合法赔偿途径：
- 当员工的行为给工厂造成损失时，工厂应通过合法途径寻求赔偿。根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使员工需要承担赔偿责任，工厂也不能随意扣钱，而是需要遵循一定的法律程序和限制。
特殊情况下的合法性
规章制度依据：
- 如果工厂有依法制定的规章制度，并且这些规章制度明确规定了员工因故意或重大过失损坏公司财物（包括做坏产品）时需承担的赔偿责任，那么在这些情况下，工厂依据规章制度要求员工赔偿可能是合法的。但前提是，这些规章制度必须合法有效，且经过民主程序制定。
民主程序与公示要求：
- 规章制度的制定必须通过民主程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度必须向劳动者公示或告知，才能确保其合法性。如果工厂未遵循这些程序，那么其规章制度可能无法作为要求员工赔偿的依据。
应对建议
核实规章制度：
- 员工应首先确认工厂是否有相关合法有效的规章制度，以及自己在做坏产品这一事件上是否存在故意或重大过失。如果规章制度不合法或未向员工公示，员工有权拒绝承担赔偿责任。
沟通协商：
- 若工厂提出扣钱（罚款）或要求赔偿，员工应与工厂进行沟通，解释事情经过，并表明自己愿意按照合理方式（如依据劳动合同或规章制度）赔偿损失，但不接受非法罚款或超出法律限制的赔偿要求。
法律维权：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。在必要时，员工也可以寻求我的法律帮助，我将根据具体情况提供专业的法律意见和代理服务。
总结：在处理工厂因员工做坏产品而扣钱的问题时，应综合考虑工厂的规章制度、员工的过失程度以及法律法规的规定。员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的法律措施来维护自己的权益。同时，工厂也应遵守相关法律法规，确保规章制度的合法性与合理性，以避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。