关于土地流转后建厂且未确权，到期后土地归属的问题，结论需分情况讨论：
土地流转性质与合同约定
- 若土地流转为出租：根据《农村土地承包法》及相关规定，土地承包经营权流转的期限不得超过承包期的剩余期限。流转期满后，土地应归还给原承包方，即原土地承包经营权人。此时，即便土地上已建厂，若厂房建设未经合法审批或未与原承包方达成新的协议，厂房可能面临拆除或补偿问题，但土地本身应归还原承包方。
- 若土地流转为转让：转让意味着原承包方将其土地承包经营权完全转移给受让方。在此情况下，若转让合同合法有效且已办理相关登记手续，受让方在流转期满（实际上转让后无“期满”概念，此处指原承包合同期限）后，若原承包合同未特别约定，通常土地承包经营权归受让方所有。但需注意，若转让行为违反法律法规或原承包合同约定，转让可能被认定无效，土地仍归原承包方。
- 合同约定优先：无论流转方式如何，若流转合同中明确约定了流转期满后的土地归属或处理方式，应优先遵循合同约定。
厂房建设合法性
- 合法建设：若厂房建设经过了相关部门的合法审批，且符合土地利用规划和城乡规划，那么厂房作为合法建筑，其权益应受到保护。但土地流转期满后，土地归属问题仍需根据流转性质和合同约定来确定。若土地归还原承包方，受让方可能需就厂房与原承包方协商补偿或拆除事宜。
- 非法建设：若厂房建设未经合法审批或违反土地利用规划和城乡规划，那么厂房可能被认定为违法建筑，面临拆除风险。在此情况下，土地流转期满后，土地更可能归还原承包方，且受让方可能需承担违法建设的法律责任。
确权问题的影响
- 未确权的影响：土地确权是明确土地权属的重要法律程序。若土地未确权，在流转期满后，土地归属可能因权属不明而引发争议。此时，需依据相关法律法规和流转合同，结合实际情况，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来确定土地归属。
- 确权的必要性：为避免此类争议，建议在土地流转前或流转过程中及时办理土地确权手续，明确土地权属，为后续的土地流转和使用提供法律保障。
建议与后续行动：
- 审查流转合同：首先审查土地流转合同，明确流转性质、期限、条件及期满后的处理方式。
- 了解厂房建设情况：了解厂房建设是否经过合法审批，是否符合土地利用规划和城乡规划。
- 协商与调解：在流转期满前，与原承包方或相关方就土地归属和厂房处理问题进行协商，寻求妥善解决方案。
- 法律途径：若协商无果，可考虑通过调解、仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。