结论前置：村书记给自己母亲申请宅基地是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若符合宅基地申请条件且程序合法，则合法
   根据《土地管理法》及地方宅基地管理规定，宅基地申请需满足“本村集体经济组织成员、无宅基地或宅基地面积不足、符合一户一宅原则”等条件。若村书记母亲符合上述条件，且申请流程（如村民会议讨论、公示、乡镇政府审核等）均依法完成，则其申请行为合法。村书记作为村干部，仅履行职务行为，不因身份特殊而受限。

2. 若不符合条件或程序违法，则不合法
   若村书记利用职务便利，通过伪造材料、隐瞒事实（如母亲已拥有宅基地、非本村集体成员等）或跳过法定程序（如未经村民会议表决、未公示）为其母亲申请宅基地，则构成违法行为。此类行为可能涉及《刑法》中的“滥用职权罪”或“贪污罪”（若涉及侵占集体资产），同时需承担行政责任（如宅基地被收回、处分决定）。

关键点补充说明：

• 身份中立性：村书记的职务身份本身不构成申请宅基地的障碍，但需严格避免“既当运动员又当裁判员”的冲突。例如，若村书记同时兼任宅基地审批小组负责人，则需回避其母亲的申请审批流程。
  
• 监督机制：村民可通过村务公开渠道核查申请材料（如家庭成员宅基地情况、审批流程记录），若发现违规可向乡镇政府或纪检监察部门举报。
  

建议：若您怀疑此类申请存在违规，可进一步提供具体细节（如申请流程、母亲户籍及宅基地现状等），我将协助分析法律风险及维权路径。