结论：在原告主体是总公司但盖章为分公司章的情况下，法院是否驳回起诉取决于多种因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
主体资格与盖章行为的关系
- 主体资格：总公司作为独立的法人实体，具有起诉的主体资格。若总公司作为原告提起诉讼，其主体资格本身是适格的。
- 盖章行为：盖章是公司对外表示意思表示的一种方式。分公司作为总公司的分支机构，虽不具有独立法人资格，但在总公司授权范围内可以从事民事活动。若分公司盖章行为得到总公司的明确授权，且该授权在法律上有效，则分公司盖章可视为总公司的意思表示。
法院驳回起诉的常见情形
- 主体不适格：若法院认为原告主体不适格，即原告与案件无直接利害关系或不具备起诉的主体资格，法院可能会驳回起诉。但在本例中，总公司作为原告，主体资格本身是适格的，因此这一情形不适用。
- 证据不足或证据瑕疵：若原告提供的证据不足以支持其诉讼请求，或证据存在瑕疵（如盖章行为未经授权、盖章不真实等），法院可能会驳回起诉或要求原告补充证据。
- 程序性瑕疵：如起诉状未加盖公章、未按照法定程序提交等，也可能导致法院驳回起诉。但本例中主要关注的是盖章行为，而非起诉状的提交程序。
具体情境下的分析
- 若分公司盖章行为得到总公司授权：在此情况下，分公司盖章可视为总公司的意思表示，法院通常不会因盖章行为而驳回起诉。但若被告对盖章行为的真实性或授权范围提出异议，并提供了相应证据，法院可能会要求原告进一步证明盖章行为的合法性和有效性。
- 若分公司盖章行为未经总公司授权：在此情况下，分公司盖章行为可能构成无权代理或表见代理。若被告提出异议并证明盖章行为未经授权，且原告无法提供相反证据证明总公司对盖章行为的追认或授权，法院可能会因证据不足或证据瑕疵而驳回起诉。但若被告未能提供充分证据证明盖章行为未经授权，且原告能够证明其与案件有直接利害关系，法院可能会支持原告的诉讼请求。
法律建议
- 对于总公司：在提起诉讼时，应确保起诉状上的盖章行为得到明确授权，并保留好相关授权文件作为证据。若分公司盖章提起诉讼，应确保分公司具备相应的授权范围和权限。
- 对于被告：若对原告的盖章行为提出异议，应积极收集证据证明盖章行为未经授权或存在瑕疵，并在答辩状中明确提出异议。
总结：在原告主体是总公司但盖章为分公司章的情况下，法院是否驳回起诉取决于多种因素，包括盖章行为是否得到总公司授权、证据是否充分且真实、程序是否合法等。因此，无法简单地给出是否会驳回起诉的结论。若遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律分析和建议。