中间商从其总公司购买货物再卖给其分公司，这样的合同在法律上是合法且合规的，但具体还需考虑合同内容、交易目的及实际履行情况等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同主体与法律关系
合同主体：中间商、总公司、分公司均为独立的法律主体（假设分公司已依法登记并领取营业执照，具有相对独立的法律地位）。中间商与总公司之间的买卖合同，以及中间商与分公司之间的买卖合同，均是在平等、自愿的基础上签订的，符合合同成立的基本要件。
法律关系：这两份合同分别构成了中间商与总公司、中间商与分公司之间的债权债务关系。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
二、合同内容与合规性
合同内容：合同内容应明确、具体，包括货物的名称、规格、数量、价格、交货方式、付款方式、违约责任等条款。只要这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，就是合规的。
交易目的：交易目的应合法、正当。如果中间商、总公司、分公司之间通过签订买卖合同进行虚假交易、逃避税收、套取资金等违法行为，则合同可能因目的违法而无效。
实际履行情况：合同的实际履行情况也是判断合同是否合规的重要因素。如果合同签订后，各方按照约定履行了各自的义务，没有损害国家、集体或第三人的利益，那么合同就是合规的。
三、特殊情况与注意事项
关联交易：如果中间商、总公司、分公司之间存在关联关系，那么他们之间的交易可能受到更严格的监管。在这种情况下，各方应确保交易价格公允、交易条件公平，避免利用关联关系损害公司或其他股东的利益。
税务合规：各方应确保交易过程中的税务处理合规，按照税法规定缴纳税款，避免税务风险。
公司章程与内部规定：如果中间商、总公司、分公司的公司章程或内部规定对关联交易有特别限制或要求，那么各方应遵守这些规定，确保交易合规。
四、法律建议
完善合同条款：在签订合同时，各方应明确约定货物的名称、规格、数量、价格、交货方式、付款方式、违约责任等条款，确保合同内容明确、具体。
遵守法律法规：各方应确保交易目的合法、正当，遵守法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
保留交易证据：各方应妥善保留与交易相关的证据，如合同、发票、付款凭证等，以备不时之需。
咨询专业律师：如果各方对交易合规性存在疑虑或遇到法律问题，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
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