在行政诉讼中，申请排除非法证据通常应在举证期限届满前提出，但具体情形需结合证据类型及案件进展灵活处理。以下从不同角度详细分析：
一、申请排除非法证据的一般时机
根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第七条，原告或者第三人应当在开庭审理前或者人民法院指定的交换证据之日提供证据。因正当事由申请延期提供证据的，经人民法院准许，可以在法庭调查中提供。逾期提供证据的，视为放弃举证权利。虽然该条款未直接规定排除非法证据的申请时机，但举证期限的设定为当事人提交证据（包括申请排除非法证据）提供了时间框架。通常，当事人应在举证期限届满前，向法院提出排除非法证据的申请，以便法院在审理前对证据的合法性进行审查。
二、不同证据类型下的申请时机
书证、物证等实物证据：
- 对于书证、物证等实物证据，如果当事人认为其收集程序违法，如通过非法搜查、扣押等方式取得，应在举证期限内提出排除申请，并附上相关线索或材料，如搜查证、扣押清单的违法性说明等。
视听资料、电子数据：
- 对于视听资料、电子数据等证据，如果当事人认为其收集、固定过程存在违法情形，如未经同意的录音录像、非法侵入计算机系统获取的数据等，同样应在举证期限内提出排除申请，并说明证据收集的违法性及对案件事实的影响。
证人证言、鉴定意见：
- 对于证人证言、鉴定意见等证据，如果当事人认为证人作证程序违法（如威胁、利诱证人作证）或鉴定程序违法（如鉴定机构、鉴定人不具备相应资质），也应在举证期限内提出排除申请，并附上相关证据或线索。
三、特殊情况下的申请时机
庭审中发现非法证据：
- 如果当事人在庭审过程中才发现对方提供的证据系非法取得，可以立即向法庭提出排除申请，并说明理由。法庭会根据案件情况决定是否暂停庭审，对证据的合法性进行审查。
新证据的出现：
- 如果当事人在举证期限届满后才发现新的证据能够证明对方证据的非法性，可以向法庭申请延期举证或提供新证据，并同时提出排除非法证据的申请。法庭会根据案件情况决定是否准许。
四、申请排除非法证据的法律后果
- 如果法庭认定证据系非法取得，将依法排除该证据，不得作为认定案件事实的根据。
- 如果当事人未在规定时间内提出排除非法证据的申请，可能视为放弃该权利，法庭将依法对证据进行审查并作出认定。
五、建议与注意事项
- 及时提出申请：当事人应密切关注案件进展，一旦发现对方提供的证据可能存在非法情形，应立即向法庭提出排除申请。
- 充分准备材料：在提出排除申请时，当事人应附上相关线索或材料，以证明证据的非法性。
- 遵守法庭程序：当事人应遵守法庭程序，按照法庭的要求提供证据、说明理由，并配合法庭对证据的合法性进行审查。
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