结论前置：饮酒后驾驶被扣车，仅有车辆合格证而无发票的情况下，仍可处理，但处理流程可能因缺少发票而受到一定影响，需根据具体情况采取相应措施。

详细分析：

1. 饮酒后驾驶的法律后果：

   • 饮酒后驾驶机动车是违法行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，饮酒后驾驶机动车的，将面临暂扣机动车驾驶证、罚款以及可能的行政拘留等处罚。
   • 若车辆因饮酒后驾驶被扣，车主需按照交通管理部门的指示，接受相应的处罚并办理相关手续以取回车辆。

2. 车辆合格证与发票的作用：

   • 车辆合格证是车辆合法上路的必要文件之一，它证明了车辆符合国家安全技术标准。
   • 发票则是车辆购买时的凭证，用于证明车辆的来源和所有权，也是办理车辆登记、上牌等手续时的重要文件。

3. 仅有合格证无发票的处理方式：

   • 情况一：车辆为新车且未上牌：
     • 若车辆为新车且尚未办理上牌手续，缺少发票可能会影响车辆的登记和上牌。此时，车主需尽快联系销售商或厂家，补办发票或获取相关证明文件，以便完成车辆的登记和上牌手续，进而取回被扣车辆。
   • 情况二：车辆已上牌但发票遗失：
     • 若车辆已上牌但发票遗失，车主可尝试向销售商或厂家索取发票的复印件或存根联，并加盖公章以证明其真实性。同时，车主也可向当地税务部门咨询，看是否可以开具相关证明以替代发票。
     • 在处理被扣车辆时，车主需向交通管理部门说明情况，并提供车辆合格证、行驶证等其他相关文件，以证明车辆的合法性和所有权。

4. 处理流程中的注意事项：

   • 车主在处理被扣车辆时，应积极配合交通管理部门的工作，按照指示完成相关手续。
   • 若因缺少发票等文件而遇到困难，车主可寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权益和可行的解决方案。

建议：

• 车主在购车时应妥善保管好发票等重要文件，以免遗失或损坏。
• 若发票遗失或损坏，车主应尽快联系销售商或厂家补办或获取相关证明文件。
• 在处理被扣车辆时，车主应保持冷静和理性，积极配合交通管理部门的工作，并寻求必要的法律援助或咨询。

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