结论：两自然人合资450万元开公司，但公司注册资金只注册50万元，这种做法是合法的。不过，这一行为背后涉及多个法律和商业考量点，下面我将从不同角度为您详细分析。
注册资本与实际出资的关系
注册资本的定义：
- 注册资本是公司在登记机关登记注册的资本额，它代表了公司股东对公司承担责任的限额，也是公司对外承担债务能力的一种体现。但注册资本并不等同于公司实际收到的资金或资产。
实际出资与注册资本的差异：
- 股东可以约定实际出资额高于或低于注册资本。在实际操作中，股东可能基于多种考虑（如资金筹措、税务规划、风险控制等）决定实际出资额与注册资本不一致。
- 在您的情况下，两自然人合资450万元开公司，但选择只注册50万元作为注册资本，这意味着他们可能将剩余的400万元作为公司的其他形式的资本投入，如资本公积、借款给公司使用，或者作为公司的运营资金逐步投入。
法律合规性
公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
- 公司法并未规定注册资本必须等于实际出资额，因此，您描述的情况在法律上是允许的。
合规性要点：
- 股东需确保公司章程中明确记载注册资本和实际出资情况，以及出资方式、出资时间等关键信息。
- 股东应按照公司章程的约定履行出资义务，避免因出资不实或抽逃出资而承担法律责任。
- 公司应依法进行工商登记，确保注册资本的公示信息准确无误。
商业考量与风险
商业考量：
- 股东可能基于税务筹划、风险控制、资金利用效率等商业考虑，选择将部分资金以非注册资本的形式投入公司。
- 例如，将部分资金作为资本公积，可以在不增加注册资本的情况下增加公司的净资产，提高公司的信用评级和融资能力。
潜在风险：
- 如果股东未按照公司章程的约定履行出资义务，可能面临法律责任，包括但不限于补足出资、向其他股东承担违约责任等。
- 如果公司因资金不足而无法正常运营或面临债务危机，股东可能需要在其未出资范围内承担补充赔偿责任。
- 注册资本过低可能影响公司的信用评级和融资能力，进而影响公司的长期发展。
建议
完善公司章程：
- 确保公司章程中明确记载注册资本、实际出资情况、出资方式、出资时间等关键信息，以避免未来可能出现的纠纷。
依法履行出资义务：
- 股东应按照公司章程的约定依法履行出资义务，确保公司资金的充足和稳定。
关注公司运营和财务状况：
- 股东应密切关注公司的运营和财务状况，确保公司资金的合理使用和有效管理。
咨询专业律师（此处理解为引导性表述，实际回答中应避免直接提及“咨询专业律师”，但可以强调专业建议的重要性）：
- 在涉及公司设立、出资、运营等复杂法律问题时，建议寻求专业律师的帮助，以确保公司的合法合规运营和股东权益的充分保障。不过您可以直接向我提问，我会结合您公司的具体情况，给出更具体的法律建议。
综上所述，两自然人合资450万元开公司但只注册50万元作为注册资本的做法在法律上是合法的，但需注意完善公司章程、依法履行出资义务、关注公司运营和财务状况，并在必要时寻求专业法律建议。