单位追回三年工资是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若单位追回工资的行为有合法依据：
- 法律依据与情形：根据《劳动法》及相关规定，如果劳动者存在严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失、或者存在欺诈等行为导致公司错误发放工资的，单位在有充分证据的情况下，是有权追回多发的工资的。例如，劳动者通过伪造考勤记录、虚报工作时长等方式骗取工资，单位在发现后，可以依法追回。
- 追回程序：单位在追回工资时，应当遵循合法程序，如与劳动者协商、通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决，而不能擅自扣发或强行追回，否则可能构成违法。
若单位追回工资的行为缺乏合法依据：
- 违法性分析：如果单位无正当理由，仅凭单方面决定或主观臆断就追回劳动者已合法取得的工资，这种行为是违法的。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，单位无权随意剥夺。
- 法律后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付被追回的工资，并可能要求单位支付相应的经济补偿或赔偿金。
关于追回期限的特别说明：
- 一般原则：虽然法律没有明确规定单位可以追回工资的具体期限，但通常认为，单位应当在发现工资发放错误后及时采取措施追回，而不是拖延数年后再行追回。因为随着时间的推移，证据可能灭失，劳动者的生活也可能因工资被追回而受到严重影响。
- 特殊情况：如果单位在三年内一直未发现工资发放错误，或者虽然发现但未及时采取措施，而劳动者在此期间并无过错，那么单位在三年后追回工资的合理性将受到质疑。在这种情况下，劳动者可以主张单位的行为构成违法，并寻求法律救济。
建议：
- 对于单位而言，应当建立健全的工资管理制度，确保工资发放的准确性和合法性。一旦发现工资发放错误，应当及时与劳动者沟通并采取合法措施追回。
- 对于劳动者而言，如果遇到单位无理追回工资的情况，应当保持冷静，收集相关证据，并通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：单位追回三年工资是否违法，取决于追回行为是否有合法依据以及是否遵循了合法程序。如果单位能够证明劳动者存在过错或欺诈行为，并且追回程序合法，那么这种行为可能是合法的；反之，则可能构成违法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。