若公司因未提交年报被起诉，核心应对策略是积极应诉，同时根据不同情况采取针对性措施，具体如下：

1. 核实起诉主体与起诉事由

   • 首先需明确起诉方是市场监管部门（如工商局）还是其他主体（如股东、债权人）。若为市场监管部门，通常依据《公司法》第211条“公司登记事项发生变更时，未依照本法规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以一万元以上十万元以下的罚款”及《企业信息公示暂行条例》第17条“企业未按照本条例规定的期限公示年度报告或者未按照市场监管部门责令的期限公示有关企业信息的，由县级以上市场监管部门列入经营异常名录，并可以处1万元以下的罚款”等规定，起诉事由可能涉及行政处罚或列入经营异常名录后的进一步追责。
   • 若起诉方为股东或债权人，可能以“未履行信息披露义务损害其权益”为由提起民事诉讼，需结合具体诉求分析法律关系。

2. 区分行政诉讼与民事诉讼的应对方式

   • 行政诉讼（起诉方为市场监管部门）：
     • 应诉要点：需在收到起诉状副本后15日内提交答辩状，重点论证未提交年报的客观原因（如系统故障、不可抗力等）或已采取补救措施（如补报年报、申请移出经营异常名录），争取减轻或免除处罚。
     • 证据准备：收集年报补报记录、市场监管部门通知文件、系统故障证明等材料，证明公司无主观恶意或已履行主要义务。
     • 法律后果：若败诉，可能面临罚款、列入经营异常名录（影响信用评级、招投标等），需及时履行判决并申请移出异常名录。
   • 民事诉讼（起诉方为股东/债权人）：
     • 应诉要点：需证明未提交年报与股东/债权人损失无直接因果关系，或公司已通过其他方式履行信息披露义务（如内部通知、股东会决议等）。
     • 证据准备：提供公司章程、股东会记录、债权人沟通记录等，证明公司治理合规或已采取合理措施保障知情权。
     • 法律后果：若败诉，可能需赔偿股东/债权人因信息缺失导致的损失，需评估损失金额并协商和解或上诉。

3. 主动补救与协商解决

   • 补报年报：无论诉讼阶段如何，应立即补报年报并申请移出经营异常名录（若已被列入），以减少行政处罚风险。
   • 协商和解：若起诉方为股东或债权人，可主动沟通协商，通过补充披露信息、调整股权结构或债务重组等方式化解纠纷，降低诉讼成本。

4. 长期合规建议

   • 建立年报提醒机制：指定专人负责年报公示，设置系统提醒或委托代理机构跟踪，避免因疏忽导致违法。
   • 完善信息披露制度：对股东、债权人等利益相关方，通过定期会议、书面报告等方式履行信息披露义务，减少因信息不对称引发的纠纷。

总结：公司未提交年报被起诉后，需根据起诉主体和事由制定针对性应诉策略，重点收集证据证明无主观恶意或已采取补救措施，同时主动补报年报、协商解决纠纷，并建立长期合规机制避免再次发生。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。