大学食堂按流程退场扣违约金是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：如果大学食堂的承包合同或租赁合同中明确规定了退场时需要支付违约金的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定，扣违约金是合法的。这是因为合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力，双方应当按照合同约定履行各自的义务。
合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定退场时需要支付违约金的条款，那么大学食堂在退场时要求支付违约金就缺乏合同依据，此时扣违约金可能不合法。在这种情况下，双方应当通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
二、法律法规角度
违约金合理性：即使合同中有约定违约金，但违约金的数额也应当合理。如果违约金数额过高，可能构成“过分高于造成的损失”，根据《民法典》的相关规定，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。因此，在判断扣违约金是否合法时，还需要考虑违约金的数额是否合理。
法定解除权：如果大学食堂因不可抗力或其他法定原因需要提前退场，且符合《民法典》中关于合同解除的规定，那么此时可能不需要支付违约金。因为法定解除权是法律赋予当事人的一种权利，当符合法定条件时，当事人可以解除合同而无需承担违约责任。
三、实际操作角度
流程合规性：大学食堂在扣违约金时，应当确保流程合规。这包括但不限于：提前通知承包方或租赁方、提供违约金计算依据、确保违约金数额合理等。如果流程不合规，即使合同中有约定，也可能引发争议和纠纷。
协商与调解：在退场过程中，双方应当积极协商、调解，以达成一致意见。如果双方无法协商一致，可以寻求第三方调解或诉讼解决。在协商和调解过程中，双方可以就违约金数额、支付方式等问题进行充分讨论和协商。
建议
审查合同条款：在签订大学食堂承包合同或租赁合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于退场和违约金的条款。确保合同条款明确、合理，并符合法律法规的规定。
保留证据：在退场过程中，应当保留好相关证据，如合同、通知、协商记录等。这些证据在后续争议解决中可能起到关键作用。
寻求法律帮助：如果双方在退场过程中发生争议，且无法协商一致，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以提供合同纠纷领域的法律咨询和诉讼服务，帮助您解决争议。
如果您有具体的合同条款或退场情况需要咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。