结论：在合作协议中，甲方盖公章、乙方盖合同章，一般情况下是有效的，但具体还需结合合同内容、双方意图及实际履行情况等因素综合判断。

详细分析：

1. 公章与合同章的法律效力：

   • 公章：公章是单位处理内外部事务的印鉴，代表了单位的正式意志，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，通常意味着单位对合同内容的认可和接受。
   • 合同章：合同章是专门用于签订合同的印鉴，虽然其法律效力可能略低于公章，但在合同签订过程中，合同章同样能够代表单位的意志，表明单位对合同条款的同意。

2. 合同的有效性判断：

   • 形式要件：根据《民法典》的相关规定，合同自双方当事人签字或者盖章时成立。因此，只要合同上加盖了有效的印章（无论是公章还是合同章），且双方当事人具有相应的民事行为能力，合同在形式上就是有效的。
   • 实质要件：除了形式要件外，合同的有效性还取决于其实质内容是否合法、是否违反公序良俗、是否双方真实意思表示等。如果合同内容合法、双方意思表示真实，且没有违反法律法规的强制性规定，那么合同就是有效的。

3. 可能的风险与防范：

   • 印章使用风险：虽然公章和合同章在合同签订中都具有法律效力，但为了避免潜在的风险，建议双方在签订合同时明确约定使用哪种印章，并在合同中注明印章的样式和编号，以便在发生争议时能够准确识别。
   • 合同履行风险：无论使用哪种印章，合同的履行都是关键。双方应严格按照合同约定履行各自的义务，确保合同目的的实现。如果一方未履行或未完全履行合同义务，另一方有权要求其承担违约责任。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果合同中明确约定必须使用公章：那么在这种情况下，如果乙方只盖了合同章而未盖公章，可能会引发对方对合同效力的质疑。此时，双方应协商解决，必要时可以通过补充协议或重新签订合同的方式确认合同效力。
   • 如果印章使用存在瑕疵：如印章模糊、印章与备案印章不符等，也可能影响合同的效力。在这种情况下，双方应尽快核实印章的真实性，并采取相应的补救措施。

建议：

• 在签订合同时，双方应明确约定使用哪种印章，并在合同中注明印章的样式和编号。
• 双方应严格按照合同约定履行各自的义务，确保合同目的的实现。
• 如果在合同履行过程中遇到任何问题或争议，应及时咨询专业律师，以便得到及时、有效的法律帮助。

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